一、两者的应用不同：
1、自动控制理论的应用：主要采用的方法是以状态为基础的状态空间法。目前，自动控制理论还在继续发展，正向以控制论、信息论、仿生学、人工智能为基础的智能控制理论深入。
2、现代控制理论的应用：现代控制理论比经典控制理论所能处理的控制问题要广泛得多，包括线性系统和非线性系统，定常系统和时变系统，单变量系统和多变量系统。它所采用的方法和算法也更适合于在数字计算机上进行。
二、两者的概述不同：
1、自动控制理论的概述：自动控制（原理）是指在没有人直接参与的情况下，利用外加的设备或装置（称控制装置或控制器），使机器、设备或生产过程（统称被控对象）的某个工作状态或参数（即被控制量）自动地按照预定的规律运行。
2、现代控制理论的概述：建立在状态空间法基础上的一种控制理论，是自动控制理论的一个主要组成部分。在现代控制理论中，对控制系统的分析和设计主要是通过对系统的状态变量的描述来进行的，基本的方法是时间域方法。
三、两者的特点不同：
1、自动控制理论的特点：可以采用不同的原理和方式对被控对象进行控制，但最基本的一种是基于反馈控制原理的反馈控制系统。
2、现代控制理论的特点：现代控制理论还为设计和构造具有指定的性能指标的最优控制系统提供了可能性。
参考资料来源：百度百科-自动控制原理（自动化专业课程）
参考资料来源：百度百科-自动控制系统
参考资料来源：百度百科-现代控制理论（建立在状态空间基础上的控制理论）
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