确定标准耕作制度本质上就是根据地区的气候条件和作物的生态适宜性，分析作物构成和耕作制度的合理性，并适当评价耕作制度的变化趋势，确定适宜地区自然与社会经济条件的耕作制度。
福建省标准耕作制度主要是依据国土资源部《农用地分等定级规程》（国土资源大调查专用）并结合福建省的实际来确定，具体方法如下：
（1）根据国土资源部《农用地分等定级规程》（国土资源大调查专用）附录 B，查得福建省各县（市、区）的耕作制度所在的分区及其标准耕作制度。
（2）根据福建省实际，通过分析主要作物的生态适宜性，分析耕作制度分区的主要环境指标（热量、水分、地貌和社会经济条件），以及根据各分区自然经济状况分析在当地自然条件下作物构成和耕作制度的合理性，并根据当地人口与社会经济情况分析耕作制度的变化趋势，福建省农用地分等定级与估价项目技术组专家对国土资源部确定的福建省耕作制度分区及标准耕作制度提出修改意见，并报国土资源部审批。
（3）根据福建省上报的《福建省农用地分等技术方案》、《福建省各县主要作物调查表》、《福建省标准耕作制度调查表》，国土资源部对福建省各县（市、区）的耕作制度分区及标准耕作制度进行修改和确定。