公元10世纪至14世纪，正是中国的五代宋元时期，日本的平安时代后期、镰仓时代和室町时代前期。这个时期，中日两国间的经济贸易发展很快。中国五代十国时期，北方的后梁、后唐以及南方的吴越国，与日本的贸易交往已经相当频繁；到了宋代，中日之间的民间贸易更为发展，据不完全统计，北宋商船在160余年间赴日次数达70次，平均两年一次，远远超过隋唐时期。南宋时期，也有不少日本商船来华贸易。元代，虽然发生了元军两度渡海征日的战争，但中日之间的经济文化交流却不曾中断。
公元960年，宋太祖赵匡胤发动兵变，建立了宋朝（北宋），接着，赵氏兄弟又用了大约20年的时间，陆续平定了那些地方割据性质的军阀国家，结束了五代十国的分裂局面，实现了国家的统一。其时，在中国的北方，契丹族的辽国（公元916～1125年）并未被北宋征服，而与之对峙。北宋统治者在国内采取文治主义方针，保持了较长时间的和平局面，促进了产业经济的发展，实现了文化的发达。但在另一方面，北宋王朝又与北方各新兴民族之间不断争战，耗费了数额巨大的军费和防务费，造成国家财政的沉重负担。为了确保财源，朝廷不得不采取保护、鼓励对外贸易政策，致使对外贸易迅速发展，形成了与都市繁荣和工商业发展互为补充的局面。
许多北宋商人，比如朱仁聪、周文德、周文裔、郑仁德、孙忠、李允等，都曾乘商船多次往返于中日之间，成为当时广为人知的人物。宋朝商人运往日本的贸易物资，主要是棉、绫等丝织品和香料、药材等，其次便是陶瓷器、文具等；日本的输出品主要有砂金、水银、锦、绢、布、扇、刀剑等，大体上与前代相同。
日本自从公元894年决定停派遣唐使之后，采取限制与中国往来的政策，只允许少数僧侣来中国。这样，中国私人商船携带包括书籍在内的“唐物”赴日贸易和日僧访宋所进行的一些文化宗教活动，便成了这一时期中日文化交流的纽带。
从11世纪中叶起，日本豪商和庄园领主中开始有人向高丽方面派遣贸易船。从12世纪前半叶（南宋初期）开始，这一情况又有所发展，出现了日本商船直接开赴中国进行贸易的趋势。南宋方面指定靠近长江口的明州（宁波）为对日贸易港，日本商船便开始频繁驶人明州。利用商船出海而入宋的日本禅僧也日益增多。
进入镰仓时代（公元1181年日本源氏取代平氏，1193年源赖朝在镰仓开设幕府），日本对外贸易管理权由幕府继承。因为镰仓幕府从一开始就对对外贸易采取比较放任的政策，允许自由贸易，所以日宋间贸易继平氏时代的繁荣期之后又有了很大发展。
宋钱从12世纪中期开始大量输入日本。中国的铜钱也是在这个时期开始流通于日本的。《东大寺文书》中记载，京都买田地以铜钱额标记价格。南宋孝宗（公元1162~1194年在位）时，日本和高丽的商船每年都要开往明州进行贸易，不光以物换物，更愿意以现钱交易。鉴于宋钱大量流人日本和高丽的情况，宋庆元（宋宁宗赵扩年号）五年（1199年），宋朝政府曾公布法令，严禁把铜钱带到日本和高丽去。
13世纪初，成吉思汗统一蒙古，创立了蒙古帝国。公元1271年，世祖忽必烈（公元1215～1294年）作为中国王朝的继承者建立了元朝。在对外关系上，元世祖曾多次对邻近国家用兵。至元（元世祖年号）十一年（1274年）和十八年（1281年），便曾两次远征日本。这期间，即使因为征战造成两国关系恶化，但彼此间的贸易往来并没有中止。《元史·日本传》中就有日本商船来华贸易的记载。元朝统治者十分关注海外贸易收益，因此欢迎并优待民间贸易。
宋元时期，除了贸易往来，作为文化交流，中日两国间来往最多的还是僧侣。北宋时期，第一个因入宋而知名的僧人是奝然（diāorán）（公元938～1016年）。奝然本是日本东大寺和尚。他是与弟子成算、嘉因等一同搭乘吴越商人陈仁爽的船只人宋的。《宋史·日本传》中写道：“雍熙元年（984年）日本国僧蔚然与其徒五六人浮海而至，献铜器十余事，并本国《职员令》、《王年代纪》各一卷。”宋太宗（赵匡义，公元976~997年在位）曾召见裔然，并赐之以紫衣。宋雍熙（宋太宗年号）二年（985年），奝然随浙江台州宁海县商人郑仁德船回裔。数年后，郑仁德返回时，奝然遗其弟子喜因奉表向太宗致谢，并献上不少当时日本的高级工艺品。表中多有对宋朝皇帝的颂扬及感恩之语，从中也可看出裔然对中国的深情及其精深的汉文造诣。
另一位日本高僧源信（公元942～1017年），从宗教无国界的信念出发，曾委托回国的宋商朱仁聪带回自己撰述的《往生要集》。《往生要集》后被浙江天台山国清寺收存，其教义也受到人们推崇。源信的教义不仅在日本净土宗信仰的历史上占有重要位置，而且对宋代佛教界的影响也很大。
北宋时代，日本僧侣入京和回国都要搭乘宋人的商船，到了南宋，情况便与北宋不同。引人注目的是此时已有日本船开到中国或漂流到中国。南宋时代，佛教禅宗在江苏、浙江一带十分兴盛。南宋的士大夫乃至皇帝都愿与禅僧结交，以表示自己的儒雅高洁。这一时期，为修习禅宗而人宋的日本僧侣络绎不绝（luòyìbùjué）。
最早人宋的和尚是东大寺的重源（公元1121~1206年）。重源1167年来到中国，曾去朝拜天台山、育王寺等地，第二年9月与荣西一起回国。回国时，他带回宋版《大藏经》等许多经典以及净土五祖像、十六罗汉像和许多佛具、佛画，并把它们捐赠给了东大寺等寺院。
比重源晚一些入宋的另一位僧人是日本禅宗临济宗的开山祖荣西（公元1141～1215年）。荣西在中国遇到重源，二人同去天台山、育王寺朝拜、修行，并于1168年9月携带天台宗经典60卷回国。荣西还带回茶种，回国后，在传布临济宗的同时，极力向日本传播饮茶风习。荣西于1187年再次人宋，到天台山万年寺学禅。荣西在宋滞留了5年，于1191年回国。回国后，他先在九州普及禅宗，又于1195年在博多营造圣福寺。后下镰仓，住寿福寺，在镰仓武士中发展信徒，并于1202年在京都营造建仁寺，致力于禅宗的普及。
荣西的门人明全（公元1184～1225年）在荣西死后继续主持建仁寺。1223年，明全偕道元等人入宋，住天童山修习曹洞宗，两年后在天童山圆寂。明全死后，道元（公元1200～1253年）继承曹洞宗的正统，师从天重山住持如净，严格修行坐禅。1227年秋，道元辞别如净，携明全遗骨回国。据说在临别时，如净禅师告诫他：不住城邑（yì，城市），不近国王大臣，即使一人或半人也要教化。道元归国后，于1233年在京都山城开兴圣寺。1244年，道元又营造永平寺，全身心致力于弟子的培养，成了日本曹洞宗鼻祖。
荣西的法孙圆尔辨圆（公元1203～1280年）1235年入宋，历访育王寺、天重山、径山（杭州府）诸寺，在径山万寿寺学禅。1214年归国后在博多开崇福寺、承天寺，在京都东南营造东福寺，专事弘布禅宗，成为临济宗东福寺派鼻祖。1280年死后被花园天皇赐“圣一国师”号。圆尔辨圆门下的僧侣大多相继入宋。其弟子无关普门（公元1212一1291年）1251年来到中国，在宋修行达10年之久。归国后居住东福寺，受“大明国师”称号。
南宋时期，与日本僧侣相继人宋学禅的同时，也有不少中国僧侣东渡日本。兰溪道隆（大觉禅师，公元1213～1278年）是第一个把大陆禅宗正式传到日本的中国禅僧。他听说日本的禅宗逐渐兴盛，便于1246年和他的弟子们一同抵达日本，人京都泉涌寺来迎院，传布禅宗。后在该院院主智镜帮助下移居镰仓寿福寺。
这时正值镰仓时代中期，掌权的北条时赖愿意接纳新兴的禅宗，企使镰仓既为政治中心，也为宗教中心，以便掌握宗教的实权。北条时赖以道隆赴日为良机，支持道隆于1253年在镰仓创建建长寺，道隆因此成了该寺的开山祖师。建长寺是模仿杭州径山禅寺的式样修建的，象征着镰仓禅宗的质的转换。时赖又于1255年招募禅徒，铸造巨钟，由道隆撰写钟铭，署名“建长禅寺住持宋沙门道隆”，据说这是日本有“禅寺”之名的开端。
元代，因为元军征日，在一段时间内，中日间的僧侣往来中断。直至中国僧人一山一宁（公元1247～1317年）去日之后，受其感化影响，来中国的日本僧人才逐渐增多。一山一宁是普陀山的高僧，1299年（元大德三年）受任元成宗（铁穆耳，公元1294～1307年在位）的外交使节，持国书赴日，最初被幕府疑为间谍，禁锢在伊豆修禅寺，后因其高德被赦免。一山一宁长期居住在日本，曾住过镰仓的建长寺、圆觉寺、净智寺、京都的南禅寺等处。其博学多才受到日本上下各阶层人士的尊重和仰慕。一山一宁对日本文学、书法、绘画等方面的发展产生过影响。
1305年以后，日本僧人人元者骤增。据说1305年一山一宁的弟子龙山德见人元时，有17人同行；t342年赴日僧竺仙梵仙的弟子人元时，也有25人相随；1344年日本僧大拙祖能人元时，有数十人组团同行。此外，单独人元的僧人也有很多。人元日本僧人中，有不少在中国旅居达lO年甚至20年之久，被中国禅寺迎为住持的也不鲜见。
与日本僧人人元相对应，中国的禅僧也相继赴日。其中最负盛名的如清拙正澄（公元1274～1339年）、明极楚俊（公元1262～1336年）、竺仙梵仙（公元1292~1348年）等，都是元朝第一流的高僧。他们抵日后，担任京都、镰仓禅寺的住持，受到朝廷和幕府的尊重与信赖。尤其是清拙正澄，将中国禅林的各种规式移植到日本，对完善日本禅林规则起了很大的作用。
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