二者各有各的特点，评价好与不好和个人的观点和角度不同，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校历史不同
1、东南大学
1902年，三江师范学堂创办。1921年，以南京高等师范学校为基础建立国立东南大学，1952年，以原南京大学工学院为主体，并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等学校的有关系科，在中央大学本部原址建立南京工学院，1988年5月，学校复更名为东南大学，2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。
2、北京理工大学
前身是1940年成立于延安的自然科学院，1949年定址北京并接收中法大学校本部和数理化三个系，1952年定名为北京工业学院，1988年更名为北京理工大学。
二、学校规模不同
1、东南大学
截至2020年，东南大学建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区，占地面积5888亩，总建筑面积约78.97万平方米，有专任教师2991人，有全日制在校生36277人。
2、北京理工大学
截至2020年，学校占地188公顷，建筑面积161万平方米，教职工总数3420人，有全日制在校生28460人。
三、院系设置不同
1、东南大学
东南大学建筑学院、东南大学机械工程学院、东南大学能源与环境学院、东南大学信息科学与工程学院、东南大学土木工程学院等34个院（系）。
2、北京理工大学
宇航学院、机电学院、机械与车辆学院、光电学院、信息与电子学院、自动化学院、计算机学院等18个专业学院。
四、学校特色不同
1、东南大学
世界一流大学建设高校A类（2017年）、211工程（1996年）、985工程（2001年）、111计划（2008年）、2011计划（2014年）。
2、北京理工大学
双一流（2017年）、全国重点大学（1959年）、211工程（1995年）、985工程（2000年）、高等学校学科创新引智计划（2008年）、卓越工程师教育培养计划（2010年）、高等学校创新能力提升计划（2014年）、强基计划试点高校（2020年）。
参考资料来源：百度百科-东南大学
参考资料来源：百度百科-北京理工大学