引用的文献会被标红的原因如下：
1、在撰写论文的过程中，引用了很多别人的论文。写论文引用别人的句子是很常见的，但是不能引用太多。而且应该在引用后添加注释，这样论文查重系统执行重复检查时就会知道引用部分。
2、如果自己写的论文和发表的论文在版面、内容、结构上有60%的相似度，就叫抄袭。如果和发表的论文在内容上有70%的相似度，也会被称为抄袭。
3、有时，学生在引用文献时知道要注释，但格式增加了错误或书面参考文献有错误。被查重检测系统检查时，也会标红。
对于论文查重系统而言，只有知网查重系统能够很好地识别出参考文献，其他检测系统的识别度没有知网高，所以无法去除参考文献的检测，同学们不要奇怪为什么其他检测系统都标红而知网不标红。如果参考文献列表当中出现知网识别不出来的格式，那么后面的参考文献列表知网可能也无法识别出来。
如果论文引用过多，往往会在论文查重中被检测为抄袭，这样论文的重复率会变高。事实上，只有论文引用的部分是合理的，基本上不会被查抄袭，所以正确的格式和标注才是避免被标红的方法。其次，注意合理引用，不要用无关的引用来凑字数。总之，在毕业论文的引用部分，做好标注并注意，合理引用就不会有问题了。
首先，论文的目录与文献作为论文的重要组成部分，必须经过仔细的撰写和引用。目录是论文的纲要，列举了论文各章节的标题和页码，而文献则是作者引用的其他研究成果。这些内容应该是有个人思考和整理的结果，而不是直接复制粘贴他人的成果。
查重系统的工作原理是通过比对文本相似度来判断论文的原创性。当论文的目录与他人的论文目录相似度较高时，查重系统会将其标红，以提示作者进行进一步的检查和修改。同样的，如果文献中的引用与其他文献相似度较高，也会被查重系统标红。
为什么会出现这样的情况呢？一方面，有些学生可能在写作论文时不具备足够的独立思考和整理能力，倾向于直接复制粘贴他人的成果，特别是目录和文献这种格式较为固定的部分。另一方面，有些学生可能没有掌握正确的引用方法，或者没有进行合理的文献筛选。这都导致了目录与文献与他人论文的相似度较高。
要避免目录与文献被标红，首先，学生们应该具备独立思考和整理的能力，尽量避免直接复制粘贴他人的成果。其次，正确理解并掌握文献的引用方法，做到准确引用并对文献进行适当筛选。最后，利用查重系统检测论文之前，作者自己也应该进行一次仔细的审查和修改，确保论文的原创性，以免被误判。