在现代企业经营中，随着规模的扩张，管理层通常会引入分层和分工的科学管理制度，以替代过去的手工管理。企业内部的控制系统因此得以建立，这使得审计人员的焦点从具体的会计事务转向了检查内部控制系统的效能。审计人员意识到，如果这些控制机制在内部控制系统中得到有效运用，那么会计结果的准确性自然能得到保障。
在制度导向审计和风险导向审计中，审计策略不再是漫无目的的全面审查，而是根据对被审计单位内部控制系统深入理解的策略性审查。统计抽样，特别是基于大数定律和正态分布的抽样方法，逐渐取代了主观性和随意性的做法。这种方法更加强调对内部控制制度的整体理解，可以揭示可能存在的系统性会计信息错误，从而提升审计效率。
自20世纪40年代以来，制度导向审计模式因其显著的优势，成为了注册会计师审计的主流方法。它不仅关注会计结果，更关注控制系统的有效性，以确保企业运营的稳健和透明度。
制度导向审计模式将审计的重点放在对内部控制制度各个控制环节的审查上，目的是发现内部控制制度的薄弱之处，找出问题发生的根源，然后针对这些环节扩大检查范围；对内部控制制度有效之处，则可缩小其检查范围或简化其审计程序。在这种审计模式下，是否检查凭证与经济事项、检查多少凭证与经济事项都不再是毫无目的的大海捞针，而是建立在对被审计单位内部控制系统认识基础上的重点审查。