刘裕杀了司马懿的后人主要是为了灭国之恨，还有他心中有野心，想要谋权篡位，所以才要将司马家族的人全都给杀掉自己才能实现改朝换代。
刘裕和司马懿究竟有何深仇大恨？
一、灭国之恨
刘裕出身平民，当时东晋是依靠豪门氏族来延续统治的，所以说那时皇帝并没有所谓的实权，而是依靠以王谢家族为首的这一些贵族世家同少数民族抗争，还有来镇压叛乱。刘裕通过自己的不懈努力，终于掌控了北府兵，之后回到京城直接就以雷霆之势控制了朝廷，并且对司马家族斩草除根。这个由司马炎创立的晋朝也由此被毁灭，这也是第一个被全家杀光的皇室贵族。刘裕下如此狠手，主要是因为他本就心狠手辣，而且他对司马家族也有着很大的仇恨。因为当时刘禅被武力要求投降之后，蜀汉就被灭亡了。所以蜀汉后裔们都是对司马家族恨之入骨的，刘裕此举也是为了得到那一批蜀汉残余势力的支持。
二、野心勃勃
重点还是刘裕这个人野心很大，毕竟能从一个市井混混，到最后凭借着蛮力还有智商走到了朝廷的最终位置，那足以见得这个人心机很重。刘裕懂得联合朝廷众臣去讨玄，并且还会抓紧任何机会来让自己的党羽渗透到朝廷的各个位置。他很懂得掌控人心，而且还居功自傲，等到权力都在手的时候，又妄想谋图皇位，所以篡位的野心昭然若揭。
三、目的是为了改朝换代
刘裕一辈子都在为自己谋朝篡位做准备， 在晚年的时候，他为了以绝后患，于是发动了政变。直接就将皇帝给搞死了，并且在创立了南朝之后，他终于成为了老大。那么为了自己的统治可以巩固，他自然要把司马家族给杀光。
那么刘裕为什么把司马懿家族灭族？
一、斩草除根、遗留后患。
司马家族是西晋王朝的建立者和继承者，从司马懿到司马昭为了夺取政权，忍辱负重，卧薪尝胆，司马家族人才辈出，都不是泛泛之辈，都是玩阴谋的高手、也是心狠手辣之辈。
刘裕虽然登上了皇位，但自己的皇位是从司马家族手里夺来的，名不正言不顺，心里有愧。而司马家族都是权谋高手，身上有阴险狡诈的基因，非常不好对付。不杀司马家族，自己怎么能睡安稳？
俗话说，除恶务尽、斩草除根，司马家族有一个人活着，他们就可能报仇雪恨，咸鱼翻身，进行复辟，所以刘裕必须要心狠手辣，诛灭司马家族。
二、以牙还牙、为祖报仇。
众所周知，刘氏是汉朝的主人。而在三国后期，是曹魏彻底消灭灭亡了偏安一隅的蜀汉政权，而司马懿后代司马昭等是曹魏的中流砥柱，对此有不可推卸的责任。刘裕此人又以汉朝宗室后裔自居，把这件事当成深仇大恨，这笔账当然要跟司马家族来算。
三、自己年迈，儿子年幼。
其实刘裕一开始犹豫不决，并没有下定决心要斩草除根，但是当时刘裕夺取皇位的时候已经57岁，身体状况也不好。
当时人的平均寿命很低，还不到40岁，刘裕的年龄已经是高寿了，加上自己身体不好，已经去日不多，就非常担心去世之后政权的稳固。尤其是自己的接班人——太子刘义隆年方14岁，无论如何不会不考虑自己撒手人寰，儿子不能掌控全局，东晋的后裔更是最大的不稳定因素，是心头大患。
再次情况下，他在一咬牙，一狠心，痛下杀手，决定要杀死已经被废掉，降格为零陵王的晋恭帝。
于是421年，刘裕派手下去指使手下人毒杀晋恭帝，在此之后又索性诛杀了司马家族。事实上，刘裕的身体状况的确很早，在干完这一切一年之后，刘裕就一命呜呼了。
刘裕诛杀司马家族，还是显示出了自己的极大不自信，他诛杀禅让皇位的司马家族，开了一个非常恶劣的先例，最后自己后人在禅让皇位之后，被北齐开国皇帝萧道成斩尽杀绝，也算是报应了。