京东自营比旗舰店贵的主要原因是成本及销售方不同。
从商品价格来看，同一件商品，在京东自营和旗舰店中可能会呈现不一样的价格。很多人把便宜的一方看做假货，其实这种想法是错误的。京东自营和旗舰店同一件商品价格之所以会存在一些差异，主要是因为成本及销售方不同，并不影响商品质量。
京东是直接到厂家拿货，减少了中间商渠道，而且平台利润率稳定，因此定价较低。而旗舰店的进货渠道不一定是厂家，有可能是中间渠道商，拿货成本高，并且还要向京东缴纳一定的平台服务费，所以有时候旗舰店比京东自营价格高，但也有例外。
京东品牌介绍
2017年1月4日，中国银联宣布京东金融旗下支付公司正式成为银联收单成员机构。2017年4月25日，京东集团宣布正式组建京东物流子集团。2017年8月3日，2017年中国互联网企业100强榜单发布，京东排名第四位。2019年7月，发布2019《财富》世界500强，位列139位。
京东先后组建了上海及广州全资子公司，将华北、华东和华南三点连成一线，使全国大部分地区都覆盖在京东商城的物流配送网络之下。同时不断加强和充实公司的技术实力，改进并完善售后服务、物流配送及市场推广等各方面的软、硬件设施和服务条件。
以上内容参考：百度百科—京东
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