乙肝抗病毒治疗的一般适应证为：一、HBeAg阳性者，HBV DNA≥10^5拷贝/ml（相当于20000IU/ml）；HBeAg阴性者，HBV DNA≥10^4拷贝/ml（相当于2000IU/ml）；二、ALT≥2倍参考上限；如用干扰素治疗，ALT应≤10倍参考上限，血清总胆红素应<2倍参考上限；三、ALT<2倍参考上限，但肝组织学显示Knodell HAI≥4，或炎性坏死≥G2，或纤维化≥S2。
对HBV DNA持续阳性，达不到上述治疗标准，但有以下情形之一者，亦应考虑给予抗病毒治疗：一、对ALT大于正常上限且年龄>40岁者，也应考虑抗病毒治疗。二、对ALT持续正常但年龄较大者（>40岁），应密切随访，最好进行肝活检；如果肝组织学显示Knodell HAI≥4，或炎症坏死≥G2，或纤维化≥S2，应积极给予抗病毒治疗。三、动态观察发现有疾病进展的证据（如脾脏增大）者，建议行肝组织学检查，必要时给予抗病毒治疗。
对代偿性肝硬化患者，HBeAg阳性者的治疗指征为HBV DNA≥10^4拷贝/ml，HBeAg阴性者为HBV DNA≥10^3拷贝/ml，ALT正常或升高。对于失代偿期肝硬化患者，只要能检出HBV DNA，不论ALT或AST是否升高，建议在知情同意的基础上，及时应用核苷（酸）类似物抗病毒治疗，以改善肝功能并延缓或减少肝移植的需求。
在开始治疗前应排除由药物、酒精或其他因素所致的ALT升高，也应排除应用降酶药物后ALT暂时性正常。在一些特殊病例如肝硬化或服用联苯结构衍生物类药物者，其AST水平可高于ALT，此时可将AST水平作为主要指标.
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