根据上述职责，海口市教育局内设8个正科级职能机构：
（一）办公室
负责起草和审核有关综合性文件和重要报告；负责会议组织、秘书事务、信息综合、文电处理、文书档案管理和机要保密工作；负责机关日常行政管理工作，制定机关内部规章制度；负责信访、安全保卫等工作;承办人大建议、政协提案。
（二）党委办公室（纪检监察处）
负责局机关及所属单位党建、统战、双拥、计生、工会、教代会以及青年、妇女和全市少先队工作；管理机关和直属学校科级领导干部；协调指导学校维护稳定工作；协调指导全市学校及周边治安综合治理工作；承担纪检组的日常工作；负责纪检监察工作；协调指导全市教育系统的党风廉政建设和反腐败工作。
（三）人事处
负责局机关及所属单位的机构编制、人事管理、队伍建设、老干部服务；协助人事部门做好系统内的专业技术资格（职务）评聘工作；拟订语言文字工作规划和实施办法；指导推广普通话工作，开展普通话培训测试工作；指导检查学校和社会文字规划工作；开展汉语国际推广工作。
（四）计划财务处（市学生资助管理办公室）
负责拟订全市教育事业的发展计划；财务管理职能按有关规定执行；管理市属学校的基建投资；组织编制市属学校经费的预算；负责直属单位国有资产、预决算财务管理和内部审计；监督检查各项教育经费的筹措和使用情况，协同有关部门监管所属单位的非经营性国有资产；负责全市教育事业信息统计、分析；协调开展生源地信用助学贷款工作。
（五）基础教育处
负责本市基础教育管理工作；重点推动九年义务教育工作，负责幼儿教育、特殊教育工作，负责教育教学改革；参与学校布局调整规划；组织选定基础教育的教材，审定市编乡土教材和教辅资料；负责全市中小学信息技术教育工作，参与开展中小学教学仪器设备和图书配备工作；负责各级各类学校的招生计划并组织实施，负责高考、高中会考和中考工作；负责全市中小学的学籍管理工作；指导全市中小学的思想品德教育工作。
（六）体育卫生和艺术教育处
负责本市中小学体育、卫生健康和艺术教育管理工作，拟定有关体育、卫生健康、艺术教育教学的指导性文件；指导全市中小学文体有关竞赛活动；负责组织学校及学生参加国际、国内体育竞赛和艺术教育等交流行动；参与开展专业教材建设、专业师资培训工作；指导并协调学校国防教育和学生军训工作。
（七）职业和成人教育处
负责本市普通及成人中等职业学历教育、成人文化技术教育和青壮年扫盲的管理工作；拟定中等职业教育的教学指导文件；制定教学评估标准并指导实施；指导职业学校和成人教育学校的思想政治工作、品德教育工作；指导中等职业教育教学改革和教材建设；指导中等职业技术学校专业设置，负责职业教育学籍管理；统筹规划农科教结合工作；会同审批社会力量举办的中等职业技术学校及教育机构。
（八）教育督导处（市人民政府教育督导办公室）
拟定全市教育督导的指导性文件和评估指标体系；对市人民政府有关部门和区级人民政府及其有关部门依法履行教育职责情况进行督导检查；组织对全市普及九年义务教育和扫除青壮年文盲巩固提高工作情况进行年检和复查；组织对全市中等及中等以下各类教育机构办学水平、教育质量和实施素质教育情况进行监督、检查、评估和指导；开展基础教育发展水平和质量监测的有关工作；承担局机关及所属单位的普法工作；负责教育执法督查；负责教育行政复议、教育行政处罚、教育行政应诉工作；负责本市教育改革与发展战略的研究并就重大问题进行政策调研；规划并起草本市地方性教育法规草案。
