在江西省九江市南部，有一个鄱阳湖国家级自然保护区。以永修县吴城镇为中心，纵横永修、星子、新建等县管辖鄱阳湖内的九个湖泊，总面积为224平方公里。鄱阳湖候鸟保护区位于九江修水、西河交汇处的鄱阳湖滨，永修县吴城镇附近，候鸟保护区面积约90平方公里，由大湖池、中湖池、沙池、蚌湖等大小10个湖港、湖汊、湖湾组成，春夏洪水时这一带连成一片，冬季枯水时各港、汊、湾便独自成湖。由于水草茂盛，鱼类丰富，气候适宜，无工业污染，从而成为世界候鸟的最大的越冬栖息地。鄱阳湖候鸟主要来自中国青海湖、北大荒和俄罗斯西伯利亚等地。每年秋后，即有大批候鸟到这里越冬。据初步统计，保护区有珍禽异鸟150余种，其中属国家一类保护的有白鹳、黑鹳和灰鹤3种，为国家二类保护的有天鹅、灰鹅、白枕鹤、白头鹤3种，为国家二类保护的有天鹅、灰鹅、白枕鹤、白头鹤、鸳鸯、鹈鹕等6种，属国家三类保护的有中华丘沙鸭、班头雁、大鸨等3种，既有越冬候鸟，也有长住珍禽。这里还是野鸭群的乐园。由于近几年采取了保护措施，候鸟数量逐年增多，已大大超过了世界有关候鸟组织公布的世界候鸟存活数。世界鹤类基金会1982年公布世界白鹤总数为820只，而1983年仅吴城镇候鸟保护区就发现白鹤409只。
鄱阳湖水位最高时湖泊约170公里长，最宽处为74公里。形状像一个大葫芦，倒挂在长江南岸。1980年建立鄱阳湖自然保护区，面积为35000公顷，1988年建立鄱阳湖候鸟国家级自然保护区，面积为22400公顷。
鄱阳湖每年洪水期、枯水期水位变化很大，10月～翌年3月水落滩出，鱼、虾、螺、蚌及各种水草丰富，是候鸟越冬栖息的乐园。约有鸟类148种，其中水禽69种，属国家保护的鸟类有20种，主要有白鹤、白头鹤、黑鹳、大鸨、鹈鹕、白琵鹭等濒危物种。建立保护区以来，开展鸟类环志，生态观察、饲养驯化等研究工作，保护管理珍贵鸟类，各种候鸟的数量显著增加。每年冬春季，成群候鸟飞翔，壮丽奇观，受到国际鹤类基金会等国际组织的重视。
鄱阳湖的植被在湖泊中主要水生植物为苦草、眼子菜、绿藻、蓝绿藻，仅有小面积的芦苇。附近山地丘陵植被是以苦槠、丝栗栲、钩栲、甜槠、青冈栎、木菏等为主的常绿阔叶林天然次生林，此外还有杉、竹混交林；杉、马尾松及阔叶树混交林；常绿与落叶阔叶混交林和落叶阔叶林等。人工林大多为杉、马尾松及其他经济林树种。
保护区内有9个淡水湖泊及周围沼泽地和湿草地。湖水面积在4～9月的丰水季节为46466公顷，而枯水季节仅为5000公顷。保护区内的低丘冈地海拔为37米，有一些森林、农田和沙山等。保护区外除湖泊外，还有山地丘陵，西北部起伏较大，东部及东北部地形较为平缓，南部则多为坦荡的农田及低丘岗地。鄱阳湖候鸟国家级自然保护区
保护区位于湖的西北面，基本处于海拔11～12米之间，地势平坦，西半部受修河水影响，东部受赣江水影响，这两河在吴城镇相汇。吴城是由沉积岩构成的平缓的“小岛”，最高处狮子山高39.6米。
鄱阳湖属亚热带湿润性季风型气候，夏季炎热潮湿，冬季干燥寒冷，冬季甚少出现霜冻。1983～1985年永修县录得最低温度为-4.9℃(1985年12月)，夏季气温高达30℃以上，水温近似于气温。
降水全年都有，最大的降水量在4月，但降水分布每年区别很大，年总降水量约为1700毫米。相对湿度颇为稳定，全年平均相对湿度为80%。
鄱阳湖为多强风地区，特别是湖的北面，由长江经湖口狭窄通道进入鄱阳湖，对风有加速作用。永修县月平均风速为2.4～2.8米/秒，冬季多北风，夏季多南风。冬季下雪不多，雪量仅3～7毫米。
“鄱阳湖盆”的形成可追溯到地质史上300万年以前，当时发生了三组大的地层断裂共同作用形成了“鄱阳湖盆”。在距今约18000年以前最后一次冰川期，使得“鄱阳湖”水很迅速地进入长江，不能在“鄱阳湖盆”形成湖泊。冰期过后，气温逐渐变暖，长江河床的溯流侵蚀作用停止，使得长江和“鄱阳湖盆”的高差因淤积而逐渐减少，从公元5世纪开始，鄱阳湖因河水潴留逐渐形。
鄱阳湖可笼统地称之为“吞吐型”湖泊，或者说是“过水型”湖泊，积水面积达16.22平方公里，占江西省全部面积的9.72%。一般来说，从2月～6月，进湖水量大于出湖水量，从7月达翌年1月，出湖水量大于进湖水量，出湖量取决于五条河(赣江、修河、信江、抚河和饶河)和长江的水位差，最大出湖量为28800立方米/秒，最小的出湖量可以是负数，即长江倒灌，达9450立方米/秒，鄱阳湖平均每年出湖量是1347亿立方米。在水位为21.69米时，鄱阳湖的水而积达3210.22平方公里，蓄水量达251.7亿立方米。当水位只有9米时，水而仅216.62平方公里，蓄水量仅4.6亿立方米。鄱阳湖平均每10天更新一次湖水。
鄱阳湖南北长170公里，平均宽度16.9公里(最大宽度70公里)。湖岸线1200公里，随着自然季节性的水位下降形成330000公顷湿地，其中保护区占22400公顷。
鄱阳湖的泥沙淤积主要来自五大河流，每年带进湖中的泥沙量达2104000吨，其中半数流入长江，剩余部分沉积在鄱阳湖，使湖床每年升高1.7毫米。
大量的围湖造田，使湖的容量减少，造成了鄱阳湖调节洪水能力下降，加剧了洪涝灾害。因此，湖堤不得不越修越高。长江流域其它湖泊也出现类似情况，使得长江水位上升。过去的40年中，由于围垦，与长江相连的湖区而积由20000平方公里萎缩到7000平方公里(鄱阳湖和洞庭湖是仅存的两个没有受人工控制的湖泊)，1954年长江曾发生历史上最大洪水(水位达21.69米)。水位将比1954年增高2米。
鄱阳湖在控制长江洪水中有着重要的调蓄作用。通常情况下，雨季由东向西通过中国南部，因此，五河水流高蜂出现在长江高峰到来之前，这样，在长江水倒灌进鄱阳湖之前五河的洪水已流出了鄱阳湖。
鄱阳湖一般水质优良，局部地区的污染主要是有机废物、重金属(铜、锌、铅)污染和有机酚污染，在枯水季节水质较差，最大主要污染在鄱阳湖的南面，来自南昌的生活和工业污水。饶何上游是中国目前最大的铜矿基地，由饶河带进的主要是重金属铜污染。污染最轻微的地区是鄱阳湖的西北面，也就是鄱阳湖保护区所在地。鄱阳湖是大型的浅水湖泊，湖面大部分在海拔12.7米之间，最深点海拔7.5米，差不多位于湖的最南端。湖床的形成起因于泥沙的淤积。
