朱棣起兵借口是清君侧，就是建文帝被身边奸臣控制住了，自己为解救建文帝才起兵。理由很好，不少人会认为他真去解救建文，实则就是给自己找个借口，赢了就坐上龙椅，输了那能保全名声。
朱棣从北平起兵开始，便已将生家性命堵上，他不仅要除掉齐泰、黄子澄两位“奸臣”，他更大的目标是看重那至高之位。可以说，建文帝不管自焚还是如何，朱棣必然要除掉他。
明太祖朱元璋惹的祸
明太祖朱元璋在位期间，为确保朱家江山万世不衰，他认为自己儿孙去为自己守卫江山自己才会放心，便将已成年儿孙均赶出地方就藩。朱元璋极其重视北方防务，他将燕王朱棣、宁王朱权、辽王朱植等九位藩王派往北方为大明守卫疆土。藩王拥有军事全，他们不仅能指挥护卫队出征，还能节制部分正规军。
燕王朱棣、宁王朱权、辽王朱植等九位驻守北方藩王，拥有极大自主权，常以各种理由扩编军队。朱元璋对他们行为更多睁一只眼闭一只眼，也会进行过多干预。
朱标去世后，朱元璋对藩王极度不信任，大事屠戮开国功臣，从中能看出朱元璋宁愿相信自己儿子，也不信任开国功臣，预感自己走后帝国便会有权臣作乱，为避免这些情况，朱元璋将开国功臣屠戮殆尽。朱元璋将不少权利均分给自己儿子，让藩王拥有清君侧权利。
《皇明祖训》中有相关规定“朝无正臣，内有奸恶，必训兵待命，以清君侧之恶”。后来，建文帝大力削藩之时，朱棣便以“清君侧，靖国难”为理由起兵“靖难”让自己有合理造反理由。
藩王起兵勤王，一旦处理不当很有可能会出现大麻烦，为此朱元璋又规定只有皇帝进行征召藩王才能起兵，无旨意不得离开藩王，铲除奸臣后五日内必须返回藩地。后来朱棣拿下南京，在不得知建文帝生死情况便匆忙登基，靖难之役从头到尾就是一场多位之战。
靖难之役始末
建文帝强势削藩，让朱棣十分不安，他深知建文帝早晚要对付自己。建文元年（1399年）七月初四，朱棣经过精心布置后，杀掉朝廷派来的张昺、谢贵，以及府内叛变的葛诚、卢振四人后，将北平控制在手上，让朱高炽留守北京，朱棣率军南下。
一败耿炳文：
朱棣本就是个出色统帅，深知自己力量不敌朝廷，他以极快速度迅速清理北平外围，让自己大后方安全。之后，朝廷派出一代名将耿炳文讨伐朱棣，朱棣以出色军事才华将耿炳文十三万大军击败。
二败李景隆：
耿炳文战败后，建文帝迅速拜李景隆为大将军，起兵五十万准备一举击溃朱棣。李景隆本就没啥才能，只是依靠父亲威望才当上大将军，他对于军事并不太懂。李景隆率部来势汹汹而来，有大举吃掉朱棣打算，朱棣沉重应战，诱敌深入，朱棣亲自率部营救被江阴侯吴高包围永平郡。李景隆见状命令大军包围北平，朱棣得知情况后让朱高炽坚守北平。
朱棣打算偷袭宁王朱权大宁府，从而获得他手下精兵朵颜三卫，到达大宁城下，朱棣单骑入城，大打感情牌，从而让朱权对自己深信不疑。几日后，朱棣告辞，朱权亲自到郊外送行，朱权到达郊外后，他手下将士纷纷叛变，朱棣将朱权、王妃、世子纷纷带往北平，这一行朱棣获得朱权旗下朵颜三卫，让其势力大增。
很快，燕军和朝廷大军在郑村坝决战，燕军战力极强，几次突击，连破朝廷大军七营，李景隆大败。当夜，李景隆便命令军队撤退，留下大量辎重给燕军，李景隆率部撤回德州。
再败李景隆：
建文二年（1400年）四月，李景隆率兵六十万又一次讨伐燕军。燕军和朝廷大军在白沟河发生大战，朝廷大军有不少能战之将，平安、郭英、瞿能父子均给朱棣造成极大麻烦，幸好，朱棣命大又一次让燕军取得胜利。朝廷军队又一次大败，瞿能父子正旺，其余众将先后逃离战场，大量辎重被扔下，投降十万之众，李景隆无奈撤军。
三战皆胜，朱棣已有夺取皇位能力
三败朝廷大军后，燕王朱棣势力大增，已有足够叫嚣朝廷资本，朝廷想消灭燕军已极为艰难。白沟河之战后，朱棣连续发动济南之战、东昌之战、藳城之战、灵璧之战均获得胜利，此次，燕军已有夺取天下能力，朝廷则无足够力量再发动伐燕之战。
建文三年（1401年）朱棣率部突破盛庸设置防线，扬州、高邮相继被占领。建文帝见情况不妙，多次派人和朱棣谈判皆未获得想要结果。援军不至，军心涣散，不少臣子抱有二心，均打算投降燕王朱棣。在这种情况下，朱棣率部进驻距离京城三十里龙潭，朝廷大惊。又派出谷王朱橞、安王朱楹前去数次谈判未果。建文帝见外部援兵未至，派出藩王武臣守卫城门，奈何谷王朱橞、李景隆打开金川门投降，燕军顺利进入京城，朱棣进城后不久继承皇位。
建文结局必然凄惨：
朱棣即位后，对建文旧臣进行大事屠戮，自然也不会放过建文帝。因此，就算建文帝坐在皇宫前和朱棣对峙，也不会有啥好结果。
朱棣本就对皇位有无限向往，他认为自己比建文更有资格坐上皇位，他可能迫于形势不会马上杀建文，当是登上皇位后，建文帝就必死无疑。