摩托车被扣了会影响C1驾照，这是毋庸置疑的。根据2021年6月16日的规定，摩托车和C1驾照合一的情况下，摩托车的违章扣分会对个人考取驾照产生影响。但是，如果摩托车违章扣分，对考驾照并没有影响。然而，需要注意的是，如果摩托车的车主名字与个人汽车的车主名字一致，那么在购买新车并上牌时，摩托车的违章记录会影响上牌，需要先将摩托车的违章消掉才能顺利上牌。
接下来，我们来看一下具体情况：
超速或闯灯：摩托车违章一般是因为超速或闯灯导致的。在这种情况下，只需缴纳罚款即可。
违章情节严重：如果摩托车违章情节严重，已经违反了道路交通安全法律、法规的规定，发生重大交通事故，将被追究刑事责任，并由公安机关交通管理部门吊销机动车驾驶证。如果发生交通事故后逃逸，公安机关交通管理部门也将吊销机动车驾驶证，并且终生不得重新取得机动车驾驶证。