对富含有机物的物料进行发酵，可分为好氧性发酵和厌氧性发酵两类。
1、好氧性发酵。
指的是由利用空气或者水中游离的氧气进行繁殖的好氧性微生物进行的发酵类型。
在好氧条件下，
淀粉在淀粉酶的作用下转化成为麦芽糖，再在麦芽糖酶的作用下，转化成
葡萄糖，进而转化成酒精和
醋酸，最终变成
二氧化碳和水，放出大量能量。
对于蛋白质，是在蛋白酶的作用下转化成
氨基酸，进而转化成硝酸盐；
对于脂肪，是在酯酶的作用下，转化成
甘油和脂肪酸，进而氧化分解成二氧化碳和水；
对于纤维素、半纤维素和多糖，则在纤维素分解酶的作用下，转化成多糖、低分子糖或有机酸，进而最终分解转化成二氧化碳和水。
好氧性发酵属于氧化过程，发酵温度高，一般可达55-60度，有时可达70度以上。
此方式发酵产生的热量大，物质转化快，所以，利用好氧性微生物所制造的有机肥料称为高温堆肥。
由好氧性菌沤制的高温堆肥生成的腐殖质呈中性，对培肥土壤十分有利
但在发酵时要注意，严防过度发酵导致养分的损失。
2、厌氧性发酵
指的是在缺氧状态下，由厌氧性发酵微生物参与的发酵类型。
它是通过夺取氧化物中的氧进行呼吸的微生物种类。
在厌氧条件下，
对于淀粉，被转化成乳酸，进而转化成
甲烷等气体；
对于蛋白质类物质被还原成氨基酸、氨态氮、吲哚，最终转化成
硫化氢等气体。
厌氧性发酵生产的肥料中的腐殖质呈酸性，酸性的腐殖质是由氢离子与木质素、蛋白质复合体构成的络合物，若使用不当，可使耕作层土壤酸性化，造成地力下降。