社保和农村合作医疗保险的区别如下：
1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民；
2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇；
3、报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高；
4、有无个人医保账户：农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。
农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，我国农业人口占全国总人口的百分之63．91，农村医疗保险，可以使广大农民享受到农村医疗保险的实惠，同时也是社会保障的一项重要内容，更是我国经济建设的重要环节之一。社会保险是指一种为丧失劳动能力、暂时失去劳动岗位或因健康原因造成损失的人口提供收入或补偿的一种社会和经济制度。社会保险的主要项目包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险。农村医保缴纳的费用一年几百元，而社保缴纳费用一年几千甚至上万，相比之下农村医保的费用低很多；而且，农村医保是由参保人负担全部费用，而社保是由职工和公司一起承担费用的。包含项目不同：农村医保只包含了医保，但是社保除了包含医保还包括养老、失业、工伤和生育保险。
总的来说，农村合作医疗简称新农合属于三种国家和地方政府托盘的社会保障医疗之一，其他两种分别是职工五险一金里的医疗险，和城镇居民医疗保险。
【法律依据】
《中华人民共和国社会保险法》第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。第二十一条 新型农村社会养老保险待遇由基础养老金和个人账户养老金组成。参加新型农村社会养老保险的农村居民，符合国家规定条件的，按月领取新型农村社会养老保险待遇。