天启二年（1622年）
十月初五日 夜，福建总兵谢隆仪攻荷夷于厦门港，焚荷船1只，生擒酋长高文律等52名，斩首8名。
十月二十六日 福建总兵徐一鸣率兵驻厦门抵御荷夷。
天启三年（1623年）
秋 荷夷再扰鼓浪屿、曾厝垵，被浯铜游把总王梦熊击溃。
天启四年（1624年）
七月 福建巡抚南居益指挥明军1万多人、战船200多艘，由厦门渡海进攻澎湖荷兰侵略军据点。荷军于七月十三日挂出白旗，自拆城堡，撤出澎湖。
天启六年（1624年）
春 郑芝龙从台湾到厦门一带海域招兵勒饷。
五月 游击卢硫英攻打郑芝龙部失利，退入厦门。
天启七年（1627年）
七月 郑芝龙自旧镇袭占厦门。次年七月，郑芝龙被朝廷招抚，获授游击之衔。
崇祯三年（1630年）
荷夷侵扰厦门，被郑芝龙击败。
崇祯四年（1631年）
天主教“多明我会”11名意大利、西班牙传教士自马尼拉抵厦门，开办“多明我会”教区。
崇祯六年（1633年）
七月十三日 荷兰驻台殖民当局最高长官汉普特斯曼联合海上武装集团刘香等人，率战船8艘进犯厦门。郑芝龙会同闽、粤水师合力反击，十月二十二日在料罗湾大败荷夷。廿五日，总兵谢隆仪在厦门港再次击溃荷夷。自此，荷患始告平息。
崇祯十三年（1640年）
正月初七日 同安夜下“豆雨”，形扁，色或黑或黄，居民有扫之盈升者。
正月十六日 同安下雪。
9、清
顺治三年（1646年）
秋 郑彩、郑联踞厦门岛。
十一月 郑彩迎奉南明监国朱以海到厦门。翌年移驻长垣。
顺治四年（1647年）
五月 郑成功屯兵鼓浪屿，起兵抗清。
顺治五年（1648年）
四月初十日 郑成功率兵攻取同安城，委叶翼云为知县。
八月二十六日 清将佟国鼐、陈锦、李率泰攻陷同安城，守军全部牺牲。清军屠城4天，近4万无辜百姓被杀。史称“同安四日屠”。
顺治七年（1650年）
八月 郑成功回师厦门，夺取郑彩、郑联兄弟的兵权，收编其部。从此，郑成功声威大振，部众达4万人。十月，郑将所部整编为左、右、前、后、中5军，自领中军。
顺治八年（1651年）
三月初一日 清巡抚张学圣、提督马得功率军偷袭厦门。郑成功自广东回师救援。四月初一日，困清军于篔筜港，清军遁逃。
顺治九年（1652年）
正月 朱以海在浙江沿海兵败后逃至厦门。
三月初十日 郑成功军队在同安用地雷崩城，引清总督陈锦到江东桥大战，清兵败退灌口。陈锦被其家丁所杀。
十二月 郑成功再破同安县城。
顺治十一年（1654年）
六月二十一日 福清黄檗山万福寺住持隐元和尚从厦门启程赴日本。后成为日本黄檗宗的开山鼻祖，该宗为日本佛教最大流派之一。
七月 南明水历帝晋封郑成功为延平王。
顺治十二年（1655年）
二月 郑成功在中左所置吏、户、礼、兵、刑、工等六官，分理军政各事。
三月 郑成功改中左所为思明州，命薛联桂知州事，又令工官冯澄世筑演武亭，督兵操练。
顺治十三年（1656年）
四月 清定远大将军济渡率军攻思明及金门，因清兵不习水战，大败。
顺治十四年（1657年）
六月 台湾荷兰殖民者派何斌来思明州请求通商，郑成功以荷兰当局每年输饷5000两、箭坯10万枝、硫磺千担为条件许之。何斌暗中将台岛内情况报告郑成功。后何斌再次赴厦，向郑成功献上台湾航道、炮台设置和荷兰兵力分布图。
七月初十日 郑成功兴师北伐，命忠振伯洪旭守思明州。清军趁虚来攻，郑成功闻警回救。此后郑成功又两次由厦门率兵北伐,均告失败。
顺治十七年（1660年）
五月十日 清将达素、李率泰、施琅率官兵数万，战船500余艘，分水陆三路攻厦，遭郑军反击。清军大败，伤亡万余人。
顺治十八年（1661年）
三月 郑成功渡海攻打台湾，令其子郑经领兵守思明，郑泰守金门。十二月，郑成功收复台湾，结束荷兰侵略者在台湾38年的殖民统治。
是年 清廷实行禁海迁界，沿海30里皆虚其地，迁同安排头沿海居民入内地。
康熙元年（1662年）
五月 郑成功卒于台湾。其子郑经自厦入台袭其职。
康熙二年（1663年）
正月 郑经复返厦岛。
十月 清廷令剿厦、金两岛。靖南王耿继茂、福建总督李率泰及荷兰舰队兵出泉州，马得攻兵出同安，施琅、黄梧兵出漳州。清将马得功战死。郑经部队寡不敌众，厦门、金门失守。
冬 清兵强迫厦门沿海居民迁居内地，拆毁厦门城。
康熙五年（1666年）
九月 郑经招纳江胜驻守厦门，与内地开展贸易。
康熙九年（1670年）
五月初七日 英东印度公司的“万担宾克”号轮船来厦门港贸易。
康熙十三年（1674年）
三月 靖南王耿精忠（耿继茂之子）举兵反清，郑经应耿精忠之约率军西渡，五月进驻厦门。
康熙十五年（1676年）
英东印度公司在厦门设商馆，从事贸易活动，地点在钱炉灰埕。
康熙十九年（1680年）
二月 清总督姚启圣、水师提督万正色、陆路提督杨捷出征金厦。二十六日，郑经率厦门守军千余人退守台湾。
同年 清廷派总兵镇守厦门。
康熙二十二年（1683年）
闽浙总督姚启圣督师厦门。六月，水师提督施琅率师东征台湾，同月攻占澎湖，郑克塽降。
同年 清福建水师提督衙门由漳州移驻厦门。
康熙二十三年（1684年）
十二月 清政府开放海禁，在厦门设闽海关，凡商船越省及往外洋贸易者，皆由海关办理。
同年 设立台厦兵备道，管理厦、台两地政务。
康熙二十四年（1685年）
水师提督施琅重建南普陀寺，修复厦门城墙。
康熙二十五年（1686年）
泉州府海防同知移驻厦门，同知署设在厦门港保鸿山寺东，负责办理台运、海防、海关等事项。
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