残疾人保证金计算方法是基于公司员工总数和残疾员工比例来确定的。具体来说，计算方法为：（公司员工总数×1.5%-残疾员工数）×该地区上年度职工平均工资。
首先，残疾人保证金的计算依据的是公司的员工总数和残疾员工的数量。这是为了保障残疾人的就业权益，促进社会对残疾人的包容和接纳。公司需要按照规定的比例雇佣残疾人，如果未能达到规定比例，就需要缴纳相应的保证金。
其次，具体的计算方法是，先计算出公司应该雇佣的残疾员工数量，即公司员工总数乘以1.5%。然后，将这个数与公司实际雇佣的残疾员工数量进行比较，如果实际雇佣的数量少于应该雇佣的数量，就需要缴纳相应的保证金。保证金的金额等于（应该雇佣的残疾员工数量-实际雇佣的残疾员工数量）乘以该地区上年度职工平均工资。
例如，某公司有员工1000人，按照规定，应该雇佣15名残疾人。但是该公司实际只雇佣了10名残疾人，那么就需要缴纳（15-10）=5名残疾员工的保证金。如果该地区上年度职工平均工资为5000元，那么该公司需要缴纳的保证金为5×5000=25000元。
总的来说，残疾人保证金的计算方法旨在鼓励公司积极雇佣残疾人，保障残疾人的就业权益。同时，也通过经济手段来促使公司承担相应的社会责任。