甜樱桃授粉品种配置主要遵循以下原则。
（1）授粉亲和性
应选择与主栽品种授粉亲和的品种为授粉品种。对已知S基因型的主栽品种，可以根据品种的S基因型来判断，应选用与主栽品种不在同一组群的品种作为授粉品种；对于未知S基因型的主栽品种，可以依据品种间亲缘关系的远近，选择关系远的品种，并经田间授粉试验确认为具有高亲和性的品种为授粉品种。
一些甜樱桃园虽然搭配了不同的品种进行授粉，但结实率仍然较低，主要原因是授粉树与主栽品种的S基因型相同，属于相同的不亲和组群。目前生产上主栽品种红灯、布莱特、莫莉、美早、莱州早红、早红宝石等品种的S基因型为S3S9，相互授粉不结实；奇好、早大果、友谊、极佳4个品种的S基因型同为S1S9，相互授粉不结实，必须配置其他S基因型的授粉品种才能保证较高的坐果率。（2）花期相遇
甜樱桃开花时期的早晚因品种有一定差异，开花早与开花晚的品种之间花期相差5～12天，在确定授粉品种时，应考虑各品种开花期的早晚，授粉品种与主栽品种的花期应一致，或者比主栽品种早1～2天开花，这样才不至于误过最佳授粉期。甜樱桃主栽品种花期及品种间授粉亲和性见表6。
表6 甜樱桃主栽品种花期及品种间授粉亲和性序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 品种 （按花期早晚排列） S基 因型 拉 宾 斯 莱 州 早 红 那 翁 甜 心 索 纳 塔 雷 尼 美 早 宾 库 先 锋 斯 克 奈 特 萨 米 脱 萨 姆 奥 林 巴 斯 雷 洁 娜 塞 艾 维 亚1 拉宾斯（Lapins） Self S2 莱州早红（Chelan） S3S9 × ×
表6 甜樱桃主栽品种花期及品种间授粉亲和性（续）-1序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 品种 （按花期早晚排列） S基 因型 拉 宾 斯 莱 州 早 红 那 翁 甜 心 索 纳 塔 雷 尼 美 早 宾 库 先 锋 斯 克 奈 特 萨 米 脱 萨 姆 奥 林 巴 斯 雷 洁 娜 塞 艾 维 亚3 那翁（Napoleon） S3S4 × ×4 甜心（Sweetheart） Self S5 索纳塔（Sonata） Self S6 雷尼（Rainier） S1S4 × ×7 美早（Tieton） S3S9 × ×8 宾库（Bing） S3S4 × ×9 先锋（Van） S1S3 × × ×10 斯克奈特（Schmidt） S2S4 × ×11 萨米脱（Summit） S1S2 × 12 萨姆（Sam） S2S4 × ×13 奥林巴斯（Olympus） S1S3 × ×14 雷洁娜（Regina） S1S3 × ×15 塞艾维亚（Sylvia） S1S4 × × S=自花结实，×=授粉不亲和，空白为授粉亲和（3）授粉品种的经济性状
授粉品种本身必须是综合经济性状优良的品种，与主栽品种可互为授粉结实。事实上，多数品种花粉量均较大，花期也较相近，因此，在选择授粉品种时关键是选用能产生正常花粉和异花授粉能结实的品种。
在甜樱桃园中，只有配置足够数量的授粉树，才能满足授粉、结实的需要。生产实践表明，在一片樱桃园中，授粉品种最低不能少于30%，以3个主栽品种混栽，各为1/3为宜。果园面积较小时，授粉树要占40%～50%，这样才能满足授粉的需要。