查重系统更新：查重系统的数据库和算法不断更新，导致之前查重时没有检测出来的重复内容在修改后再次查重时被检测出来，从而使得查重率上升。
修改效果不好：在修改过程中，可能由于对一些语句把握不准，导致修改效果不好，重复的地方在再次检测时依旧会重复，这就出现了为什么修改后重复率不仅没有降下来反而还升高的原因。
增加字数：有些人通过增加字数来稀释重复率，但这种方法也可能导致查重率升高。因为增加的字数可能会增加新的重复内容，从而使得查重率上升。
查重文件格式不同：如果在修改过程中更换了查重文件格式，例如原来是Word格式，后来改为PDF格式，那么可能会导致查重率上升。
论文查重网站问题：目前查重系统五花八门，因此在进行论文查重前，选择一个靠谱的系统很重要，例如papertime，比较推荐。
两次论文查重结果不一样的原因可能有多种。
1、不同的查重系统使用的数据库和算法可能不同，因此检测结果可能会有所差异。
2、学生在进行第二次查重时，可能已经根据第一次的查重结果进行了修改，这也会影响第二次的查重结果。
3、可能使用了不同的论文查重系统进行查重，不同系统可能对文本的识别和比对方式不同，导致结果不一致。
虽然不同的查重系统可能会产生不同的结果，但一些可靠的查重系统在检测准确性和可靠性方面已经非常成熟和稳定，如paperfree，应该选择可靠的查重系统进行检测。
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1、论文查重系统有一定的检测阈值
怎么理解阀值呢?就是说比如一个论文查重系统https://www.paperpp.com/设置了1千字内，如果有100字和别的文章相似不认为抄袭，那么这100个字的相似内容就不会被标红，这个阈值就是10%。如果有110字重复了，那么这110字就会被标为相似内容，这个阈值每个系统不一样，所以自己根据报告进行修改后的第二遍检测，新出现相似内容，这个就不难理解了。
2、论文查重系统数据库更新
每天都会海量数据在互联网发布，每天也有着大量的学术文献发表，论文查重系统的数据库也会定期更新资源或者不定期更新资源，大家在进行二次检测的时候，之前摘抄没检测出的内容在第二次可能就检测出重复了，因此就会导致二次查重结果不一样。
3、修改不到位
在修改论文的时候，没有将重复内容修改到位，比如说重复部分的一些关键词语句子没有改动，使的查重系统还是能够检测出与原文部分大致的相似重复;或者大家在修改的过程中并没有更好更多的添加一些原创内容，而是再次摘抄借鉴了他人作品进行了小幅度的改动，从而导致还是没有有效降低论文查重率。
参考资料：《论文第二次查重的结果为什么不一样?》
提前进行知网查重检测之后，再到学校进行论文检测时，会发现结果不一样，这是为什么呢？这里，小编跟大家解下惑。其实我们之所以会出现检测分析结果不一样，并不是说系统出了一些问题，而是由下列原因所造成的。
一是修改论文的内容或格式。很多同学本人在知网查重系统检测以后，发现自己的重复率通过了学校要求，但是继续调整文章的格式，很多文章里面的段落符号都可能发生改变，这样均有可能会导致以前没有检测出来的内容被检测出来。
第二，知网的数据库进行更新了。知网数据库内容不是静态的，而是每时每刻都在更新，每天收集的文章数量超过5万篇，但可以想象每天更新的量。所以我们同学们在校外检测可以通过之后就尽快去学校检测。
第三，学校本身有自己建的图书馆。部分高校会拥有一个自己的自建库资源，自建库顾名思义就是我们学校学生自己上传文献信息资源管理建立比对库。这些资本学校并没有把它提交给知网，所以当在知网查重的时间，这部分文献没有调取进去，因为对比的文献少了，所以重复率会相对而言更低一些，而提交给学校的时候，学校会拿学生的文章和自建库的文献进行对比，因此导致查重的重复率可能要更高。本回答被提问者采纳
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两次检测的系统不是同一个系统。只有检测相同的系统才会得到一致的结果。
两次检测的内容不同，如果内容有所变动，哪怕只是几句话，都会影响整篇论文的查重。
如果上述两点都没有，则可能就是查重系统数据库更新的原因，查重系统的数据库是不定时更新的，系统的算法也随时可能会更新。比如抄袭的文章第一次检测时并没有被系统收录所以没有查出来，第二次检测时那篇文章已经被系统收录了，就会查出来导致重复率增高。