两者最主要的区别在于传输速度的区别，PCIE X16 远高于PCIE X1。
x1的带宽是250MB/s，所以x16是250*16=4GB/s，2.0版本的PCI-E带宽翻倍达到了8GB/S，PCI Express卡适合其物理尺寸或更大的插槽（使用×16作为最大的），但可能不适合更小的PCI Express插槽;例如，×16卡可能不适合×4或×8插槽。一些插槽使用开放式插座来允许物理上更长的卡，并协商最佳的电子和逻辑连接。下图都是PCIE插槽，最长的是两根X16的，其它的是X8/X4/X2，总的来说小的X1可以插在任意插槽上，X16的肯定插不上X8的插槽。
PCI-Express是一种高速串行计算机扩展总线标准，PCIe属于高速串行点对点双通道高带宽传输，所连接的设备分配独享通道带宽，不共享总线带宽，主要支持主动电源管理，错误报告，端对端的可靠性传输，热插拔。
下面是不同倍速的PCIE的一些区别：
另外不同的倍数插槽可以给设备输出的供电功率也是有所不同的：
所有PCI Express卡在+ 3.3V（9.9W）可能消耗高达3A。它们可能消耗的+12V和总功率取决于卡的类型：
·×1卡在+ 12V（6W）和10W组合时限制为0.5A。
·×4和更宽的卡在+ 12V（25W）和25W组合时限制为2.1A。
·在初始化和软件配置为“大功率设备”后，一个全尺寸×1卡可能会达到25 W限制。
·在初始化和软件配置为“大功率设备”后，一个全尺寸×16显卡可以在+ 12V（66 W）和75 W组合后可能会达到5.5A限制。
可选连接器增加75 W（6引脚）或150 W（8引脚）+12 V电源，然后可以达到总共300 W（2×75 W + 1×150 W）。一些卡使用两个8针连接器，但这还没有标准化，因此这种卡不能携带官方的PCI Express标志。该配置允许总共375 W（1×75 W + 2×150 W），并且可能会通过PCI-SIG与PCI Express 4.0标准进行标准化。 8针PCI Express连接器可能与EPS12V连接器混淆，EPS12V连接器主要用于为SMP和多核系统供电。
另外由于长时间的演进，PCIE也发展了好几代，下面是不同PCIE代数下各倍率接口的区别：
插口长度不同，带宽也不同，给你弄了张表
PCI Express 2.0 和PCI Express 1.0 “PCI Express 2.0”中的“2.0”其实就是GPU性能升级的产物“2.0”相比第一带PCI-E接口重新设计了供电优化了高端显卡因吃电而导致的系统不稳定答案补充 使用支持2.0接口的PCI-E设备安装到1.0的PCI-E接口上面也能完美支持，本回答被网友采纳