秦淮河是南京的一条主要河流，全长一百多公里。流域面积2630平方公里，主要支流有16条。在古代，它是南京文明发祥地，不少原始居民村落和后来发展起来的工商业城邑，大都依傍于它的两岸，是历代王孙公子宴饮游乐的繁华之区，也是兵家必争之地，许多墨客骚人写了赞美它的诗篇。著名的有杜牧的《泊秦淮》：“烟笼寒水月笼纱，夜泊秦淮近酒家。商女不知亡国恨。隔江犹唱后庭花。”关于秦淮河的开凿问题，多有争议：
一说：秦始皇天公元前211年东巡时，发现东南有王气，即派人凿方山，断长垄，引淮水与长江沟通，因此称为秦淮河。主要史料依据的是《三国志．吴书》引《江表传》曰：“绂谓权曰：‘秣陵，楚武王所置，名为金陵。地势冈阜连石头，访问故老，云昔秦始皇东巡会稽经此县，望气者云金行形有王者都邑之气，故掘断连冈，改名秣陵。今处所尚存。地有其气，天之所命，宜为都邑。’权善其议，未能从也。后刘备之东，宿于秣陵，周观地形，亦劝权都之。权曰：‘智者意同。’遂都焉。”又李吉甫在《元和郡县图志》中说：秦始皇东巡会稽，归还时经金陵，“望气者云，五百年后，金陵有都邑之气。故秦始皇东游以厌之，改其名曰秣陵，堑北山以绝其势……方山，在县东南七十里，秦凿金陵，以断其势，方山决流，是所断之处也。”秦淮河为秦始皇所凿的观点，于是广为流传。商务印书馆出版的《中国古今地名大辞典》在“秦淮”条中称：“秦时所凿，故曰秦淮。”1947年由中华书局出版的《辞海》在“秦淮”条中也称“秦时所开。故名”。商务印书馆编辑出版的《辞源》同样认为：秦淮河为“秦时所凿，故名”。有些学者还进一步指明，至今方山桥头以西秦淮河东，还留有痕迹，其断处还隐约可辨。
二说：秦淮河是一条天然河流，非人工所凿。其理由是：一《史记．秦始皇本纪》在叙述“三十七年十月癸丑，始皇出游”时，只是提“过丹阳，至钱塘”，“还过吴，从江乘渡，并海上，北至琅邪”。没有记述凿秦淮河的片言只语，凿秦淮河是件大事，如有，不会漏记。二、唐朝人许嵩所撰《建康实录》早就对此提出疑议：“其淮本名龙藏浦，共上有二源：一发自华山经句容西南流，一发自东庐山经溧水西北流入江宁界。二源合方自山埭，西注大江。其二源分派屈曲，不类人功，疑非秦始皇所开。古老相传方山西渎江土山三十里是秦始皇开，又凿石方山西而疏决此浦，后人因名秦淮也。”三、有些从事地理地质研究的学者通过实地考察认为，秦淮河流域是一片完整的盆地，地势开阔，南高北低，沿途没有截水的高岗式丘陵，无需人工开凿，便可自然北流。他们还指出，在方山附近，根本找不到任何劈山引水的痕迹。
三说：秦始皇虽未凿方山，但可能凿过金陵山（即紫金山）下的长垄，宣泄山水注入秦淮河，持此说是以《南京小志》上的这段话作依据：“淮水一称龙藏浦。唐以前未有呼曰秦淮者，自唐以后，旧传秦始皇凿方山，断长垄为渎入于江，俗呼曰秦淮，而诗人因之以入诗，后遂沿称秦淮至今，其实淮经方山，不缘凿引。而秦所凿者为人陵山，断其长垄，导流下于准，此一段为之秦淮耳，今不之辨。”
上面两段文字分别是古人和今人笔下对秦淮河盛况的描写，秦淮河是南京区的主河流之一，其原名为“小江”，与长江这条大江相对也称“淮水”，唐以后，相传秦始皇东幽“凿方山，断长城为读，入于江”因称淮水为秦淮。她全长110公里，有二流二源；南源出溧水县东庐山，北源出句容县华山，流经溧水、句容、江宁三县，在秣陵关附近汇合北流，主道通济门外分两支，一支从东水关入城，经文德桥等出西水关长约5公里，称内秦淮；另一支为“外秦淮”，因为它沿南京的明朝城墙的东、南、西三面流入自然成为南京的护城河。西路秦淮河水在水西门附近汇合后流入长江。
史料一：
秦在统一中国的过程中重新整治、改造先秦留下的运河，并开凿灵渠，将运河水系推展到岭南地区。
丹徒水道，公元前210年秦始皇遣刑徒三千人自今江苏镇江至丹阳，顺应丘陵地势，开凿一条弯曲的河道，东南通吴王夫差所开之古江南河，而至会稽郡（今江苏苏州）。又自今浙江崇德向西南开凿新水道抵钱塘（今浙江杭州）。经过改造整治的人工水道奠定了隋代江南运河的基本走向。
灵渠，始皇二十六年（前221），在今广西兴安境湘水上游开凿灵渠，分湘水一支西流，经今兴安溶江注入大溶江，沟通湘、漓二水，今称兴安运河。灵渠使长江、珠江两大水系接通，从此黄、淮、江、珠四大水系皆有运河相连，黄河流域的船只可以由水路直航岭南地区，这是中国水运史的一大发展。
史料二：
大运河肇始于春秋时期，形成于隋代，发展于唐宋，京杭大运河建于两千多年前的春秋时期，距今已有2500年的历史，而秦始皇(嬴政)在嘉兴境内开凿的一条重要河道，也奠定了以后的江南运河走向。据《越绝书》记载，秦始皇从嘉兴“治陵水道，到钱塘越地，通浙江”。大约2500年前，吴王夫差挖邗沟，开通了连接长江和淮河的运河，并修筑了邗城，运河及运河文化由此衍生。
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