第二审人民法院审理上诉案件也可以进行调解，调解是二审程序结案的一种方法。第一，第二审人民法院审理上诉案件应当组成合议庭，所以，二审的调解只能由合议庭主持；而一审调解可以由合议庭主持，也可由审判员一人主持。第二，第二审法院关行全案调解，不限于当事人上诉请求的范围，可以对当事人的原案请求实行全案调解，第二审人民法院可以对原审判决过的请求进行调解，也可以对原审应当判决而未予判决的请求进行调解。第三，第二审人民法院实行并案调解。第二审人民法院对上诉案件的调解不限于当事人原审请求的范围，可以对当事人新增加的请求并案调解，调解不成的，告知当事人另行起诉。第二审人民法院对第一审应当予以合并审理的请求，或者依职权应当合并审理的案件未予合并审理的，可以根据当事人的意愿进行调解，调解不能达成协议的，应当裁定撤销原判决，发回重审。第四，二审调解达成协议，应当制作调解书，由审判人员、书记员署名，并加盖人民法院印章；而一审调解有些案件，如调解和好的离婚案件、调解维持收养关系的案件、能够即时履行案件等，人民法院可以不制作调解书。
最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第三百八十九条再审案件经过重新审理后，应当按照下列情形分别处理：(一)原判决、裁定认定事实和适用法律正确、量刑适当的，应当裁定驳回申诉或者抗诉，维持原判决、裁定;(二)原判决、裁定定罪准确、量刑适当，但在认定事实、适用法律等方面有瑕疵的，应当裁定纠正并维持原判决、裁定;(三)原判决、裁定认定事实没有错误，但适用法律错误，或者量刑不当的，应当撤销原判决、裁定，依法改判;(四)依照第二审程序审理的案件，原判决、裁定事实不清或者证据不足的，可以在查清事实后改判，也可以裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。原判决、裁定事实不清或者证据不足，经审理事实已经查清的，应当根据查清的事实依法裁判;事实仍无法查清，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当撤销原判决、裁定，判决宣告被告人无罪。