1.投保对象不同
职工医保是国家通过立法强制规定，为用人单位的在职员工提供的医疗保障，城镇所有用人单位都得参加的医疗保险。农村合作医疗保险的参保对象主要是有农村户口的当地村民，属于农村类的保险项目。
2.缴费人群不同
职工医疗保险，需要单位和个人共同承担，一起缴纳费用，来建立医疗保障基金，但是分配比例不同，单位是主体，缴纳费用占大头。农村医疗保险是由政府组织、引导、支持的医疗项目，维护民生基本利益，以大病统筹为主，个人也要缴纳相应的费用，更多的是由集体和政府来筹集资助，这个是村民自愿投保原则。
3.缴费标准不同
职工医保的费用由职工和单位共同承担缴纳，参照当地的投保基数档，按个人2%,单位8%的比例来收取费用，基数不同，每个人缴纳的费用也是不同的。农保的缴费标准低于职工医保缴费标准，而且国家和政府会予相应的补贴。这个缴费金额根据报销比例可以有多个档次选择，参保人可根据自己的经济情况选择合适的投保金额，一般都是几百元的收费标准。
4.支付方式不同
职工若想终身享受医保待遇，需要缴费达到一定的年限，一般要求男性缴满25年，女性缴满20年。各地区会有不同的标准要求，以当地政策为准。而农村医料保险需要个人缴纳，交一年保费保障一年权益，每下半年会在医保卡上扣除下一年度的医保费用，不缴纳不享受医疗保险政策。
5.报销比例不同
单位医保和农村医保的报销比例都是随着医院级别的上升而降低，都有着一定的限额起付标准。职工医保每个月都会有金额划入到个人账户，这个金额可以直接用做医疗费或者去药店买药，在定点医院就医的报销率最高，可以达到70%~90%左右。农保比较适用于农村乡镇卫生院，市级以上医院报销比例相对较小，一般报销比例在45%~65%左右。
这里需要值得注意的是职工的医疗保险和农村的医疗保险，只能享受其中一个的优惠政策，看病报销只能选择一个来报销，所以有了职工医保的完全不用重复缴纳农保，毕竟医保的报销比例大，而且这个农保需要每年缴纳费用。有些地方管理严格，两者都交的话，会导致一个都不能报销的情况，大家一定要根据自己的需求，合理的选择适合自己的医疗保险。