2004年2月28日，甘肃省的医疗领域迎来重大变革，甘肃省第二人民医院从政府手中接过管理权，正式更名成为甘肃省铁路中心医院。这一时期，医院面临着转制过程中的重重困难，包括生存压力与发展的挑战，尤其是在省卫生厅、兰州铁路局等多方面的支持下，医院的全体职工积极应对，他们以创新的思维和不懈的努力，致力于提升内部素质，塑造良好的医院形象，适应市场环境，从而推动了医疗服务水平的提升。
2005年10月1日，原铁道部第一勘测设计院职工医院并入，这进一步充实了医院的资源。在省政府的同意下，兰州铁路中心医院更名为甘肃省第二人民医院，定位为全民所有制事业单位，作为政府非营利性医疗服务体系的一部分，医院以市场化机制进行运作，医疗服务价格遵循政府指导价。省卫生厅对医院的人事、党务、行政工作实行直接管理，同时对国有资产进行监督，并对医院的业务发展提供指导。
这一系列的改革和整合，使甘肃省第二人民医院在艰难的转型过程中实现了稳步发展，不仅在医疗服务质量上取得显著进步，经济效益和社会效益也同步增长，医院的整体实力得到显著增强，为医院的未来发展奠定了坚实的基础。
甘肃省第二人民医院位于兰州市城关区和政西街1号，始建于1958年，现为综合性国家三级甲等医院、西北民族大学附属医院、全民所有制事业单位。是甘肃省、兰州市城镇职工基本医疗保险定点医疗机构，全国价格检测定点单位。甘肃省第二人民医院前身为兰州铁路中心医院，建院已50多年。