个人所得税跨年处理，第二年的计算有所不同。当收入跨年度时，首先，每月的应纳税所得额计算如下：从每月收入中减去五千元的基本费用，以及专项扣除和法定扣除后，剩余部分作为计算依据。然后，根据综合所得适用的个人所得税税率表，按照月度换算进行缴税，不再额外扣除附加费用。计算公式为：补发工资月的应纳税额=（补发工资+原月工资）-费用减除额*适用税率-速算扣除数，减去原月已缴税款。
处理跨年度工资性收入时，代扣代缴个人所得税是必须的。例如，如果第二年1月收到工资，次月应申报缴纳相应的税款。重要的是，尽管发放的工资可能在上年的最后一月，但其实际收入年度并不受影响。
举个实例，若小学毕业生在6月毕业，而初中在9月开学，8月则被视为寒暑假。根据总局的指导，这一时期的收入可以正常纳入扣除范围，无需因学期变动而中断计算。
当月工资少于5000元时，年终奖的个人所得税计算方法为：年终奖税额=（年终奖-（5000-月工资））*相应税率-速算扣除数。这里的税率是根据年终奖减去（5000-月工资）后的结果除以12，来确定相应的税级税率。