出生证明医院存根丢了，可以找一下当时的病历存根，并找到当时接生的医生，医生如果能证实此事，让医院开一张证明，到妇幼保健所办理补办手续。出生证明丢了可以通过以下方式处理：已经办理过入户手续的，出生证明丢了，到派出所查出入户时递交的出生证的存根，把复印下来，然后让派出所出一个证明，直接到妇幼保健所去办理；派出所找不证明到存根的。
需要做一个挂失申明，让派出所开张证明，7天之后，带着户口本和父母双方的身份证，到妇幼保健所补办医学出生证明；确实在医院出生，找不到病历存根的，找到当时接生的医生，医生如果能证实此事，让医院开一张证明，到妇幼保健所办理补办手续。
【法律依据】
《中华人民共和国母婴保健法》
第二十三条医疗保健机构和从事家庭接生的人员按照国务院卫生行政部门的规定，出具统一制发的新生儿出生医学证明；有产妇和婴儿死亡以及新生儿出生缺陷情况的，应当向卫生行政部门报告。