珠海市国家税务局是广东省国家税务局所属机构，是主管珠海市国家税收工作的职能部门，为正处级全职能局。
根据工作职责，市局相应设置内设机构、直属机构和事业单位。 珠海市国家税务局设置13个内设机构，级别为正科级。
（1）办公室
拟订本系统年度工作计划、有关工作制度；起草和审核重要文稿；负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、密码等工作；承担税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；组织税收科研、学术交流工作。
（2）政策法规科
组织落实综合性税收政策；承担机关有关规范性文件合法性审核工作；承办局外综合性税收政策文件会办工作；承担重大税收案件审理工作；办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件；组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查，承担税收执法质量考核工作；配合财政、审计等部门对税务部门的监督与审计工作；组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案的有关事项。
（3）货物和劳务税科
组织实施增值税、消费税、营业税、车辆购置税的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理等办法；负责增值税专用发票的行政（政策）管理工作；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
（4）所得税科
组织实施企业所得税、储蓄存款利息所得税和法律法规规定的基金（费）等征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理、税基管理、汇算清缴等办法；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
（5）收入核算科
牵头编制年度税收计划、出口退（免）税计划，分配下达年度免抵调库计划；监督检查税款缴、退库情况；开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作；承担税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作；承担税收收入数据的综合管理应用工作。
（6）纳税服务科（纳税服务中心）
组织、协调和指导本系统各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；指导税收争议的调解；承担12366热线、网站纳税服务栏目、短信系统的运行管理工作。
（7）征收管理科
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法；组织实施综合性纳税评估办法，承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用等方面的相关工作；组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。
（8）财务管理科
组织实施会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本；组织实施国库集中支付工作，办理具体支付事项；承担本系统基本建设、资产管理、政府采购、着装管理工作；组织实施财务管理、基本建设项目、大宗物品采购审计和领导干部经济责任审计工作；负责管理机关财务。
（9）人事科
组织落实干部人事管理制度；承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作；承担下一级领导班子及领导干部和后备干部的管理、考核及监督工作；监督检查本系统执行干部人事规章制度情况；办理出国政审事项；拟订年度巡视工作计划，组织开展巡视工作。
（10）教育科
组织实施本系统精神文明建设、税务文化建设和基层建设；拟订并组织实施人员培训、学历教育工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估。
（11）监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；监督检查下一级领导班子及其成员贯彻民主集中制、选拔任用干部、贯彻党风廉政责任制和廉政勤政的情况；组织协调本系统的党风廉政建设和反腐败工作；受理对本系统工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处本系统工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作。
（12）大企业和国际税务管理科
承担对大型企业提供纳税服务工作；承担对大型企业的税源管理、纳税评估和日常检查工作；承办汇总（合并）纳税企业税收日常检查的有关工作。
承担有关税收法律法规和国家（地区）间税收协议、协定（安排）的具体执行工作；组织实施特别纳税调整工作，解释和处理具体业务问题；管理机关和系统外事工作；组织实施反避税调查。
（13）进出口税收管理科
组织实施进出口贸易税收管理工作，拟订税收管理具体实施办法；承担出口货物退免税的审核审批、年终清算工作；组织进出口税收政策执行情况的日常监督检查；配合有关部门开展反骗税工作。
机关党委办公室 负责机关和直属单位的党群工作；承担机关思想政治工作和精神文明建设；承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作；组织实施本系统党建和思想政治工作。
离退休干部科 承担机关离退休干部的服务和管理工作，指导本系统离退休干部工作。 珠海市国家税务局设置稽查局、车辆购置税征收管理分局、直属税务分局3个直属机构，稽查局级别为副处级，车辆购置税征收管理分局、直属税务分局级别为正科级；另设3个跨区稽查局，级别为正科级。
（1）稽查局
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调税收违法案件的查处、审理和执行工作；受理税收违法案件的举报；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；承担金税工程发票协查工作；牵头组织税收专项检查工作。
稽查局设8个内设机构（副科级），分别是：办公室、综合选案科、检查一科、检查二科、检查三科、案件审理科、案件执行科、举报中心。
（2）车辆购置税征收管理分局
组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作；承担车辆税收一体化管理工作；对核定各类车辆最低计税价格提出建议；管理车辆购置税票证。
车辆购置税征收管理分局设4个内设机构（正股级），分别是：办公室、税政股、税源管理股、办税服务厅。
（3）直属税务分局
承担所辖纳税户的纳税申报审核、税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务及税款催报催缴、一般性违规违章行为处理等工作。
直属税务分局设7个内设机构（正股级），分别是：办公室、税政股、征收管理股、办税服务厅、税源管理一股、税源管理二股、税源管理三股。
（4）第一稽查局
负责香洲区、高新区、直属税务分局辖区内稽查工作，业务受市局稽查局指导；组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调、督办税收违法案件的查处；受理税收违法案件的举报，办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；牵头组织实施税收专项检查和税收专项整治工作；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作。
（5）第二稽查局
负责万山区、横琴区、珠澳跨境工业区、保税区辖区内稽查工作，业务受市局稽查局指导；组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调、督办税收违法案件的查处；受理税收违法案件的举报，办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；牵头组织实施税收专项检查和税收专项整治工作；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作。
（6）第三稽查局
负责斗门区、金湾区、珠海港辖区内稽查工作，业务受市局稽查局指导；组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调、督办税收违法案件的查处；受理税收违法案件的举报，办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；牵头组织实施税收专项检查和税收专项整治工作；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作。
跨区稽查局均设7个内设机构（正股级），分别为：办公室、综合选案股、检查一股、检查二股、检查三股、案件审理股、案件执行股。 珠海市国家税务局设置3个事业单位，级别为正科级。
（1）信息中心
落实税收管理信息化建设规划和实施方案，执行信息系统管理制度和技术标准；承担本系统信息化建设的技术支持、保障工作；承担税收管理信息系统的运行维护工作；组织本系统信息安全管理与实施。
（2）机关服务中心
承担机关后勤事务的管理、保障和服务工作，拟订机关事务具体工作制度并组织实施；承担机关办公用品的采购、保管、分配、维修；参与机关后勤体制改革工作；指导本系统后勤服务工作，负责机关保卫工作。?
（3）票证中心
承担税收票证、增值税专用发票、普通发票的管理工作。 珠海市各区国家税务局是珠海市各区主管国家税收工作的职能部门，按照行政区划设置，分别为：横琴新区国家税务局、香洲区国家税务局、斗门区国家税务局、金湾区国家税务局、保税区国家税务局、万山区国家税务局、珠海高栏港经济区国家税务局、高新技术开发区国家税务局、珠澳跨境工业区国家税务局。
