免税的，依据如下：
财政部 国家税务总局《关于农业生产资料征免增值税政策的通知》（财税[2001]113号）
为支持农业生产发展，经国务院批准，现就若干农业生产资料征免增值税的政策通知如下:
一、下列货物免征增值税:
1.农膜。
2.生产销售的除尿素以外的氮肥、除磷酸二铵以外的磷肥、钾肥以及免税化肥为主要原料的复混肥(企业生产复混肥产品所用的免税化肥成本占原料中全部化肥成本的比重高于70%)。“复混肥”是指用化学方法或物理方法加工制成的氮、磷、钾三种养分中至少有两种养分标明量的肥料，包括仅用化学方法制成的复合肥和仅用物理方法制成的混配肥(也称掺合肥)。
3.生产销售的阿维菌素、胺菊酯、百菌清、苯噻酰草胺、苄嘧磺隆、草除灵、吡虫啉、丙烯菊酯、哒螨灵、代森锰锌、稻瘟灵、敌百虫、丁草胺、啶虫脒、多抗霉素、二甲戊乐灵、二嗪磷、氟乐灵、高效氯氰菊酯、炔螨特、甲多丹、甲基硫菌灵、甲基异柳磷、甲(乙)基毒死蜱、甲(乙)基嘧啶磷、精恶唑禾草灵、精喹禾灵、井冈霉素、咪鲜胺、灭多威、灭蝇胺、苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒、噻磺隆、三氟氯氰菊酯、三唑磷、三唑酮、杀虫单、杀虫双、顺式氯氰菊酯、涕灭威、烯唑醇、辛硫磷、辛酰溴苯精、异丙甲草胺、乙阿合剂、乙草胺、乙酰甲胺磷、莠去津。
4.批发和零售的种子、种苗、化肥、农药、农机。
二、对生产销售的尿素统一征收增值税，并在2001、2002年两年内实行增值税先征后退的政策。2001年对征收的税款全额退还，2002年退还50%，自2003年起停止退还政策。增值税具体退税事宜，由财政部驻各地财政监察专员办事处按财政部、国家税务总局、中国人民银行《关于税制改革后对某些企业实行“先征后退”有关预算管理问题的暂行规定的通知》[(94)财预字第55号]的有关规定办理。
三、对原征收增值税的尿素生产企业生产销售的尿素，实行增值税先征后退政策从2001年1月1日起执行；对原免征增值税的尿素生产企业生产销售的尿素，恢复征收增值税和实行先征后退政策以及对农业生产资料免征增值税政策，自2001年8月1日起执行，《关于延续若干增值税免税政策的通知》(财税明电[2000]6号)第四条同时停止执行。
化肥是免税项目，但是还是你是小规模纳税人的商业企业，用税控机开票吧，现在商业裁剪发票都不让用了，纳税申报表就填实际是多少，减免多少，最后应缴就为零，具体你最好详问专管员
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