1、性质不同
母公司是在国际商务中指以母国为基地，通过对外直接投资对海外经济实体进行有效控制的总公司。
控股股东是指其出资额占有限责任公司资本总额百分之五十以上或者其持有的股份占股份有限公司股本总额百分之五十以上的股东。
2、条件不同
母公司必须有一个或一个以上的子公司，即必须满足合并报表准则所规定的控制的要求，能够决定另一个企业的财务和经营政策，并能据以从另一个企业的经营活动中获取利益的权力。
控股股东条件是：在单独或者与他人一致行动时，可以选出半数以上的董事；可以行使公司30%以上的表决权或者可以控制公司30%以上表决权的行使；，持有公司30%以上的股份。
3、概念不同
母公司是指拥有另一个公司一定比例以上的股份或通过协议方式能够对另一个公司实行实际控制的公司，具有法人资格，可以独立承担民事责任。
控股股东是指依其出资额或者持有的股份所享有的表决权已足以对股东会、股东大会的决议产生重大影响的法人。
参考资料来源：
一、母公司是指拥有其他公司一定数额的股份或根据协议，能够控制、支配其他公司的人事、财务、业务等事项的公司。母公司最基本的特征，不在于是否持有子公司的股份，而在于是否参与子公司业务经营。
二、具备的条件是：
必须有一个或一个以上的子公司，即必须满足合并报表准则所规定的控制的要求，能够决定另一个企业的财务和经营政策，并能据以从另一个企业的经营活动中获取利益的权力。母公司可以只控制一个子公司，也可以同时控制多个子公司。
母公司可以是企业，如《公司法》所规范的股份有限公司、有限责任公司，也可以是主体，如非企业形式的、但形成会计主体的其他组织，如基金等。
三、控股股东是指其出资额占有限责任公司资本总额百分之五十以上或者其持有的股份占股份有限公司股本总额百分之五十以上的股东。
四、根据《上市公司章程指引》（证监[1997]16号）的规定，“控股股东”是指具备下列条件之一的股东：
此人单独或者与他人一致行动时，可以选出半数以上的董事；
此人单独或者与他人一致行动时，可以行使公司30%以上的表决权或者可以控制公司30%以上表决权的行使；
此人单独或者与他人一致行动时，持有公司30%以上的股份；
此人单独或者与他人一致行动时，可以以其它方式在事实上控制公司。
特殊情况就是有协议或章程约定虽然是最大的股东但委托其他小股东管理的，那小股东就是母公司
控股股东最低只需要30%的持股比例