医疗机构科室是指医院、诊所等医疗机构内部按照不同专业分类设置的各个部门，以便于实现分级诊疗和相应的医疗服务。例如，内科、外科、妇产科、儿科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、皮肤科、康复科等等。每个科室都会有相应的医疗设备、医疗团队，为患者提供更加专业和精细的医疗服务。
医疗机构科室分门别类，不同科室还可分内科、外科等门类。内科泛指治疗内部器官、系统疾病的专科，外科则指治疗身体各个部位的疾病的专科。此外，还有影像科、检验科、药房、急诊科等。每个科室设立旨在照顾不同的患者群体，同时也便于医疗机构的管理、医疗资源的利用。
科室内部设有主任、副主任、医生、护士、行政人员等职位，由此构成一个较为完善的医疗团队，为患者提供全程的医疗服务。此外，科室还根据患者病情分为门诊和住院，以便于为患者提供适宜的诊疗方案。科室的设置是医疗机构管理的基本依据之一，不仅涉及患者医疗权益，也是病人安全、医务人员分工明确的前置条件。