余干县全县辖6个镇：玉亭镇、瑞洪镇、黄金埠镇、石口镇、古埠镇、乌泥镇。
1、玉亭镇
玉亭镇江西省上饶市余干县下辖镇，为余干县县城所在地，是余干县政治、经济、文化中心。辖区面积56平方公里，其中城区面积8平方公里，下辖13个行政村、9个居委会，常住人口152956人，是余干县实施大开放的主战场与发展平台。
2、瑞洪镇
瑞洪镇隶属于江西省上饶市余干县，位于余干西北水乡。瑞洪历史上以“闽越百货所经”而置镇，至今已有六、七百年历史。现在是鄱阳湖周边县市物资集散中心，尤以水产品丰富闻名遐迩，有“余干小南昌”之称。
不少名人曾居瑞洪，明太祖朱元璋大战鄱阳湖时，曾在这里睡过觉，礼部尚书李廷机贬居瑞洪时以施茶为乐，大学士张瑞图曾立茶庵，并书“妙觉地”三字于此，清女诗人钟令嘉侨居瑞洪韩康药店，生蒋仕铨，并断竹教子，为世人留下一段佳话。全境面积269平方公里，有5个居委会，常住人口65064人。
3、黄金埠镇
黄金埠镇，隶属于江西省上饶市余干县，位于江西省东北部，东南与余江县锦江镇相连，东北与万年县青云镇毗邻，西与梅港乡隔信江相望。位于东经116°48′34.68″-116°48′24.13″，北纬28°28′38.95″-28°47′43″之间，是昌、景、饶三市交界区域的交通枢纽。
4、石口镇
石口镇是江西省上饶市余干县下辖的一个镇，面积84.48平方公里，常住人口41649人，镇政府驻永安居委会。石口镇扼余干西北要冲，距县城19公里，现辖永安、石口、常山、院前等四个社区和渔池、五菱、刘埠、詹家、吴家、枫林湾、古竹、何家、南源、湖滨、东湾、等13个村委，镇人民政府驻永安居委会丁字街。
5、古埠镇
古埠镇，江西省上饶市余干县下辖镇，位于余干县东端，余干、鄱阳、万年三县交界之处，信江河畔边上。距县城10千米。全镇面积119.73平方公里，辖25个村委会，1个居委会，1个水产场，常住人口63560人 。镇人民政府在昌万公路旁。
6、乌泥镇
乌泥镇，江西省上饶市余干县下辖镇。位于鄱阳湖南岸、余干县北部，距县城6.7公里，南接昌万公路，东邻京港高速，西至南昌58公里，北靠鄱阳县仅15公里，境内迎康公路、余信公路、德昌高速贯穿其中。镇区面积19平方公里，常住人口10620人。辖乌泥居委会，乌泥、赵家、铜鼓包、港背等4个村委会。