4号线是大陆首条以“特许经营模式”运营的轨道交通线路。北京市政府投资70%，主要负责轨道土建建设；由香港铁路有限公司（MTR Corporation Ltd.）、北京市基础设施投资有限公司（BIIC）、北京首都创业集团有限公司（BCG）三家公司合资的北京京港地铁有限公司投资30%，负责车辆、信号、通信等主要设施和机电工程的建设，并在30年的特许经营期内掌管4号线的运营和管理权。
在4号线地铁内的一些广播中，线路被称为“京港地铁4号线”（Beijing MTR Line 4）。不过由于京港地铁公司并不享有4号线的永久运营权，在站内滚动字幕、京港地铁官方网站、及与线路有关的各种协议文件中，4号线仍被称作“北京地铁4号线”。4号线与除机场线外的其它北京地铁线路共享一个收费区，乘客由其它地铁线换乘4号线并不需要另行购票。不过，在运营管理的细节上与北京地铁存在诸多不同之处。 4号线的列车编号系统与北京地铁的传统编号有所不同：列车没有在车组号后用数字标明车厢次序，而是使用了铁道专业术语缩写来表示车厢的类别。例如，“015M2”表示第015车组的2号动车、“001Tc1”表示第001车组的1号含控制台的拖车。该编号系统虽然对乘客没有实用价值，但是对车辆管理者而言要更加规范。
4号线列车车厢的编组顺序是一定的。由公益西桥开往安河桥北的上行车，编组顺序从头至尾依次为：Tc1、M1、M3、T3、M2、Tc2。
4号线亦对车门进行了编号。列车使用“A”或“B”表示左方或右方的车门，再编以1～4的编号表示车门顺序。相应地，每座车站站台内的屏蔽门上都贴有纸条，标注屏蔽门对应车厢和车门的编号。4号线通车运营后，北京地铁其它线路的车辆车门和屏蔽门上也增贴了编号标签。 4号线使用与北京地铁（不含大兴线，本段落下同）不同的车内广播，由港铁指定播音员录音，简明扼要是其特点。例如，列车由宣武门站发往西单时，会播送：“下一站，西单。乘客可换乘地铁1号线。Next station, XIDAN. Interchange station for Line 1. ”下一站为换乘站时，会增放“换乘车站，乘客较多，请提前做好下车准备。Please be ready to exit, as the platform is very busy.”
除了自动播音，4号线驾驶员会较多地用人工广播提示乘客。在上下车人较多时，驾驶员会广播“车门即将关闭，请抓紧时间上下车”，或“车门关闭，请远离车门”。遇车站封站，接近被封站一站、两站前亦会提示乘客换乘其他交通工具。
4号线的车站内广播较完备，与车内广播风格统一，且使用中英双语播放。列车进站前，车站通过站台广播向乘客通知列车所行终点。站内定时播放“禁止携带危险品”等各种提示，遇封站、封路段等特殊情况也会以较高频率放送广播告知。在开业初期，一些车站在列车开门后会播送“欢迎光临×××站”的语音，而后逐渐被取消。所有车站都设有发车提示铃声，列车在关门时，会占用车内扬声器，（车内电视静音）响20次“嘟”声作为提示音，同时屏蔽门关闭时也会发出警告的“哔”声。
站台广播内容：列车即将到站，请小心列车与站台之间的空隙，本次列车去往天宫院/安河桥北及沿途各站。
列车即将到站，请小心列车与站台之间的空隙，本次列车将以新宫/公益西桥为终点站，去往西红门至天宫院站的乘客，请等候下次列车。 禁止饮食的规定是香港地铁的经营理念之一。地铁车厢内比较拥挤，乘客在此进食，一是不利于保持环境卫生，二是热的食物、饮料，可能烫伤其他乘客。此外，手持食物时，乘客自身也不容易在晃动的车厢内保持平衡，容易摔伤。因此在4号线的站台和列车上都贴上了“禁止饮食”的标志。但仍然有许多乘客在车内饮食。
不过，禁止饮食的规定并未正式写入《北京地铁四号线乘客守则》中。考虑到北京的实际情况，在4号线内喝水等常规行为不会被制止，站务员只会在乘客食用味道较大的食品并影响到其他乘客时，才会上前提示、劝阻。 “祖国你好”
2009年9月末，4号线开线之初，京港地铁推出了“祖国你好”大型公益项目。京港地铁与华夏地理杂志社合作拍摄了200幅不同民族、不同地域、不同职业的纪实人物影像，并动用1000余块站内灯箱、隧道动画媒体、轨旁PDP电子屏、站台电子动画屏等媒介进行展览。同时，京港地铁为两列车组应用了国庆特别外部涂装，以增强节日氛围。 2009年10月，海淀黄庄站换乘通道的墙壁上张贴了多幅京港地铁精心挑选的国庆节主题儿童画，表达孩子们在独特的绘画中对祖国的祝福，与“祖国你好”摄影展相呼应。同时，部分“祖国你好”主题摄影旧貌换新颜，版面经过进一步处理后，达到类似电影海报的风格，更具冲击力。
“4号美术馆”
2009年10月，京港地铁与北京“二月书坊”文化传播有限公司合作推出“4号美术馆”公益项目。项目推出时，京港地铁在两列车组以及北京南站、西单、中关村等十个大客流车站的直梯间内悬挂季大纯、陈淑霞等6位艺术家的28幅画作。 2010年2月，公益西桥站、北大东门站、北宫门站、圆明园站、菜市口站的站厅层也开辟了4号美术馆的展区，每个展览区都悬挂了十余幅艺术作品。
生肖涂鸦创作
2010年1月，京城高校学生受邀参与西直门站虎年春节的涂鸦创作。整个团队10人利用2个晚上的时间创作完成，以“虎年来了”“五虎跃新春”等贺年文字为涂鸦要素，填充五贴画虎形画面，旨在为乘客带来传统生肖文化与现代艺术形式结合的崭新体验。作品在4号线展出约6个月的时间。京港地铁称，其希望通过西直门站“涂鸦墙”的展出，将街头的涂鸦艺术带入地铁，从而为4号线地铁文化的建设提供更广阔的素材。
“4号诗歌坊”
2010年5月，京港地铁推出公益项目——“4号诗歌坊”。合作方是北京羽象飞石文化公司。项目首期，以“爱情”为主题的10首诗歌登上编号为012和039的两列地铁客车，为乘客营造出充满文学气息的地铁旅程。诗歌的作者包括徐志摩、戴望舒、洛夫、白桦等现当代颇有影响力的诗人。日后，国外的诗歌名篇也有望登上地铁舞台，为乘客提供更为丰富的车旅体验。
