先说联系：二者处于相同的
行政级别，就相当于清朝的12级爵衔制度。如果处于同一单位，二者的薪酬待遇基本相同。在官阶晋升途中，二者的效力基本等同。
再说区别：前者是个实职，往往在基层单位中设置（县乡政府、地方企业）。大部分乡政府的乡长、乡党委书记，以及大部分县政府下属的局长，都属于科长之列（俗称
科级干部）（就相当于地市级/厅局级官员，在中央称司长、局长，在地方称市长、局长、厅长）。后者是虚职，即没有实权，甚至不分管工作，仅仅是为了解决待遇的一种办法，使任职人员名正言顺地享受同级别待遇。有些单位二者并存，在薪酬上同等对待，在有关福利方面有所差异（用车、办公室空间、签字权、分房等方面）。此类职位往往在级别较高的
行政事业单位（包括旧式的央企）中设置。比如在国家部委机关已经省级人民政府组成部门里，是不可能有“科长职务”的，但是有科员（顺序是科员、
副主任科员-副科级、主任科员-正科级）。
另：有些单位（民企或乡镇举办的企业、外企）的组织机构中，虽然名称上有“科长”，但是仅仅是表示在机构中的职务序列而已（中层或中下层管理人员--不是下层），与官本位体制中的“科级”没有太多联系。
类似的还有：处长，处级调研员；司长，巡视员。等等。