一、首先，办理纳税人携带注销税务登记资料到当地的办税服务厅提交注销申请，领取填写《清税申报表》，若是在当地有缴纳企业所得税的纳税人还须填制《中华人民共和国企业清算所得税申报表》(以及附表)。该部门人员核对各项资料之后将其推送到相关的注销检查的相关职能部门，同时将该纳税人的清税申请信息提交给主管的地方税务局。
二、其次，税务检查部门在确定申请纳税人没有重大的违法行为之后，将检查报告发回给办税服务厅。办税服务厅将国税部门的检查结果录入税收征管系统，之后传递到主管的地税局，并且通知该申请的纳税人将存在的应纳税款、多退(免)税款和滞纳金、罚款等款项全部结清。
纳税人携带发票领购簿、未开具的空白发票与税控设备到办税服务厅，窗口工作人员把已经开具的发票验旧、没有开具的发票缴销、收回发票的领购簿和税控设备，来确保票款两清无遗漏。
三、最后，部门税务人员按照国税、地税的清税结果，确认纳税人已结清所有税务事项之后，把纳税人在税收征管系统内的信息做注销处理，并且向纳税人出具《清税证明》，此证明为一式三份，纳税人一份，其可以凭《清税证明》去办理工商登记注销。税务机关将同时将清税信息推送到工商、质检、国税喝地税等相关部门的信息共享交换平台中。
扩展资料
三证合一后注销税务登记办理需要的材料：
1、注销税务登记申请表(一式一份);清税申报表(一式三份，税务机关二份，纳税人一份)(已经领取“一照一码”新版营业执照的纳税人提供)。
2、董事会(职代会)或主管部门的决议以及其他有关证明文件的原件及复印件。
3、营业执照被吊销的需要提交工商部门发放的吊销决定的复印件以及原件，破产企业需要提供企业破产清算裁定书。
4、税务机关原核发的国税税务登记证(正、副本)。 (已经领取“一照一码”新版营业执照的纳税人除外) (已发放电子税务证照的不需提供)(如证件丢失，可以凭纳税人的丢失声明去办理) (已经领取“一照一码”新版营业执照的纳税人除外 )。
5、增值税一般纳税人提供防伪税控系统金税卡、IC 卡或金税盘、报税盘。一般纳税人还应提供税控盘、报税盘。(增值税一般纳税人需提供)。
6、企业清算所得税申报表及附表。
参考资料来源：洛阳网-[咨询]个体工商户营业执照注销，怎么办理清税证明