法律分析：区别一，是否属于国家体制内。备案制就是合同制，体制外的，不是正式的。编内是体制内的，正式的。
区别二，单位和员工互相选择的权限。备案制，单位和员工互相选择的范围更大些，签订的合同到期了，单位与备案制员工可以续签，也可以不签，根据具体情况而定，双方的选择空间更大。使得员工自由执业的可能性更大。
编制内，单位和员工互相选择的范围很小，一般情况下，除非员工辞职或者员工违法犯罪，否则单位不能无故解聘，使得员工自由执业的可能性更小。
区别三，享受的社会保障有差别。备案制，职工按照当地有关的劳动法，可享受五险（即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）社会保障，但没有二金（住房公积金和职业年金）。
职工享受的工资待遇，按照人社部门规定的标准来计发，可享受二金五险（即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金、职业年金）的社会保障。
区别四，工作的稳定性。备案制，较稳定。编制内，很稳定。
区别五，享受的工资待遇。备案制，比常说的合同工的待遇提高，作为医生的待遇比较高，该有的一般都有。编制内，比备案制员工高，医生待遇相当不错。
区别六，前景有细微差别。备案制，如果长期在医院上班，前途较为不明朗。但若选择出外创业，开诊所或者做与专业相关的工作，前途很好。编制内，如果长期在医院工作，前途广阔（一般编制内的医生较少离职，故不讨论离职）
区别七，对于在编职工而言，编制意味你拥有一份非常稳定的工作，除非违法，否则一般都不会被解聘。编制备案制就是将原来合同工的待遇提高，但又不是“铁饭碗”。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第三条 订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
第十条 建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
第三十六条 用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。