法律分析：一、机构分类不同
1、医疗保险处机构分为政府机构型、独立经营型和中间型；
2、医保中心分为生育保险科、业务管理科、稽核科、大额保险办公室、医疗服务科、慢性病管理科、医疗管理科、基金征缴科、信息管理科、计划财务科和综合科。
二、机构性质不同
1、医疗保险处从总体上讲是一种社会公益事业，而不是一种商业性的经济活动。因而，作为具体承办这一业务的医疗保险机构，不同于一般的营利性商业保险公司，它是一种非营利机构，在我国也称为事业性机构。
2、医保中心的单位性质是国家行政机关，隶属于当地人力资源和社会保障局。
三、各自的职能
1、医疗保险处的职能
由于医疗保险活动是一种专业性很强的活动，在政府制定有关政策法规和计划时，需要有医疗保险机构的参与。医疗保险机构根据自身掌握的第一手资料，主动为政府制定医疗保险政策法规和计划提供合理依据和建议，也是保证有效开展医疗保险业务的前提。
2、医保中心的职能
（1）协调办理单位行政事务，确保工作有序运转。
（2）负责有关文件、总结、报告和领导讲话等综合文稿的起草工作。
（3）负责公文归档、保管、调阅等工作。
（4）负责来文签收、拟办、传阅、催办、督察落实工作。
（5）负责信息的采集、编写、报送和反馈工作。
（6）负责人大、政协提案的办理和省政府督办事项的落实工作。
（7）负责会务组织、日常接待及相关活动的联络、协调工作。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。