1、干部队伍缺乏活力
干部能上不能下、队伍缺乏活力是制约干部管理工作的一大难题。近年来，随着各级党组织的不断探索与努力，疏通干部“出口”、实现干部能下已经取得了一定成效。但是，从总体上看，其中蕴藏的深层次矛盾仍未得到有效解决。
主要表现在：缺乏制度保障，干部管理过程中主观因素的影响较大，关于干部下的标准定性的多，定量的少，缺乏实际操作性。
要求的多，落实的少，各种有关干部工作的会议、文件都反复强调干部能上不能下的问题，但在实际工作中由于种种原因抓落实力度不够；各自为政，各项制度零敲碎打的多，系统的少，一个地方一个土政策，难以形成合力。
2、“干部待遇化”显露弊端
不同级别的干部政治待遇差别明显，职责、权利、利益相互交织，使得一些本应当由社会承担的矛盾集中体现在干部工作与生活当中，“干部待遇化”的弊端日益凸显。首先，干部的所有待遇均与职务高低有密切联系。
其中最为明显的是医疗保险制度，级别高的干部可以用进口药、住高级病房，甚至家属都能享受特殊对待；而基层干部则只能得到较为“廉价”的治疗。除此之外，住房、交通等一系列事关生活方方面面的待遇水平均取决于干部的职务高低。
其次，不同级别干部的工资福利制度差距过大。目前我国党政机关实行结构工资制：基础工资多年不变，该高的工龄工资高不上去，不该高的职务工资却被不合理地提高。这种现象导致干部过分看重职务晋升，“官本位”思想膨胀。
3、干部考核方式难以适应时代发展
考核方式死板。在实际工作中，无论考核哪种类型的领导干部，往往侧重采用个别谈话、民主测评、查阅资料、领导述职等以静态为主的方式，而缺少实地的、追踪式的动态考察，导致考核材料千篇一律，其结果也难以有效为决策服务。
核内容单一。长期以来，干部考核的内容主要局限在德、能、勤、绩、廉五个方面，并且大部分以定期考核的方式进行，很少出现日常测评，因而难以随时掌握领导干部的思想动态，对出现的问题不能及早进行干预，致使错误如滚雪球般越来越严重，最终对自身成长和事业发展造成严重影响。
4、激励机制不完善
在政治待遇方面，干部人事制度改革力度不够大，一些干部受年龄、身份、学历等条件的限制，在政治方面没有了发展的希望，比如事业编制的干部难于提拔，一般干部很难交流，都影响了积极性。
在经济待遇方面，市直单位实行阳光工资，干好干坏一个样，经商、从事第二职业赚的钱还更多，导致干部心理不平衡，影响了积极性；乡镇干部对计划生育、征地拆迁等有奖励的工作积极性高，对其它工作的积极性就更低。
5、监督管理不到位
虽然制定了首问责任制、限时办结制、AB岗制、责任追究制等制度，但很多单位没有严格执行，监督查处不力，制度归制度，执行归执行，以至制度形同“稻草人”，导致干部作风散漫。
6、领导表率作用发挥不够
个别领导干部对别人马列主义，对自己却个人主义，往往要求自己松，对别人要求严，要求下级或下属做的自己却违反。会上一套、会后一套，说的一套、做的一套，形象不佳，行为不端，上行下效。