沪港通和深港通的主要区别在于它们连接的交易所不同。沪港通连接的是上海证券交易所和香港联合交易所，而深港通则连接的是深圳证券交易所和香港联合交易所。
1. 交易所与股票差异：沪港通是上海证券交易所与香港联合交易所建立技术连接，使内地和香港投资者可以通过当地证券公司或经纪商买卖规定范围内的对方交易所上市的股票。而深港通是深圳证券交易所和香港联合交易所建立技术连接，使内地和香港投资者可以通过当地证券公司或经纪商买卖规定范围内的对方交易所上市的股票。
2. 标的差异：相较于沪港通，深港通下的港股通增加了市值50亿港币以上的恒生综合小型股指数成份股。最大的区别在于深市有中小板和创业板，深市的成长股是沪港通和港股市场的补充。
3. 影响及作用差异：沪港通是由上交所主导，在港股通方面仅限于恒生综合大型股指数成份股、恒生综合中型股指数成份股、在沪市上市交易的A+H股的公司的H股。而深港通是由深交所主导，在港股通方面新增了恒生综合小型股指数成份股、在深交所上市交易的A+H股的公司的H股。
总的来说，沪港通和深港通都是我国资本市场对外开放的重要举措，二者在运作机制和交易规则上基本相同，但在交易所连接、投资标的和影响上存在一定差异。