在乙肝抗病毒治疗中，中药是一个选择，尽管其副作用相对较小，但疗效相较于西药并不明显，主要优势在于保肝护肝和抗纤维化。然而，其疗效提升空间依然较大。
干扰素是另一种治疗方法，它具有双重作用，即抗病毒和免疫调节，能显著抑制病毒，但副作用不容忽视。轻者可能体验到发热、咳嗽、乏力、恶心、呕吐、腹胀、腹泻及食欲减退，严重时甚至可能引发再生障碍性贫血和精神类疾病。另外，干扰素易导致耐药性和病毒变异问题。
核苷类抗病毒药物，如拉米夫定、恩替卡韦和阿德福韦酯，通过直接抑制乙肝病毒复制，使血清HBV--DNA水平快速下降。然而，这些药物缺乏免疫调节功能，使用过程中病毒变异和耐药的风险较高。临床数据显示，肝病患者停药后复发率高，大约80%的病例在停药后病情会比用药前加重。
抗病毒治疗是慢性乙肝的根本治疗方法已成为共识。很多研究结果显示，持续的高水平的乙肝病毒复制，是慢性乙肝患者发展成为肝硬化和肝癌的高危因素，而有效的抗病毒治疗可减少肝硬化和肝癌的发生率。