由国务院出面裁决，《中华人民共和国立法法》第九十五条第三款明确提出这种情况需由国务院出面裁决。
依据 《中华人民共和国立法法》第九十五条 地方性法规、规章之间不一致时，由有关机关依照下列规定的权限作出裁决：
（一）同一机关制定的新的一般规定与旧的特别规定不一致时，由制定机关裁决；
（二）地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决；
（三）部门规章之间、部门规章与地方政府规章之间对同一事项的规定不一致时，由国务院裁决。
根据授权制定的法规与法律规定不一致，不能确定如何适用时，由全国人民代表大会常务委员会裁决。
扩展资料：
地方政府规章可以就下列事项作出规定：
（一）为执行法律、行政法规、地方性法规的规定需要制定规章的事项；
（二）属于本行政区域的具体行政管理事项。
设区的市、自治州的人民政府根据本条第一款、第二款制定地方政府规章，限于城乡建设与管理、环境保护、历史文化保护等方面的事项。已经制定的地方政府规章，涉及上述事项范围以外的，继续有效。
除省、自治区的人民政府所在地的市，经济特区所在地的市和国务院已经批准的较大的市以外，其他设区的市、自治州的人民政府开始制定规章的时间，与本省、自治区人民代表大会常务委员会确定的本市、自治州开始制定地方性法规的时间同步。
应当制定地方性法规但条件尚不成熟的，因行政管理迫切需要，可以先制定地方政府规章。规章实施满两年需要继续实施规章所规定的行政措施的，应当提请本级人民代表大会或者其常务委员会制定地方性法规。
没有法律、行政法规、地方性法规的依据，地方政府规章不得设定减损公民、法人和其他组织权利或者增加其义务的规范。
参考资料来源：中国政府网-《中华人民共和国立法法》
由国务院裁决。
法律依据：
《立法法》第九十五条第三款有明确规定：
第九十五条 地方性法规、规章之间不一致时，由有关机关依照下列规定的权限作出裁决：
（一）同一机关制定的新的一般规定与旧的特别规定不一致时，由制定机关裁决；
（二）地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决；
（三）部门规章之间、部门规章与地方政府规章之间对同一事项的规定不一致时，由国务院裁决。
根据授权制定的法规与法律规定不一致，不能确定如何适用时，由全国人民代表大会常务委员会裁决。
扩展资料：
案例：中华人民共和国国务院行政复议裁决书
国复[2007]12号
申请人：张丽锋、管礼全、管新年、管水荣、管少波等83人
被申请人：浙江省人民政府
申请人不服被申请人作出的浙政复决字[2005]23号行政复议决定，依照行政复议法第十四条的规定，于2005年12月6日向国务院申请最终裁决，本机关已依法受理。
申请人称：被申请人作出的浙土字[A2005]第10001号征地决定事实错误，程序违法。主要理由是：
1、被申请人将申请人的耕地错误地认定为未利用地，并批准征收，是不合法的。
2、被申请人土地征收程序违法。龙泉市人民政府没有将被征收土地利用现状的调查结果，交被征地农村集体经济组织和农户确认。
被申请人答复称：被申请人作出的浙土字[A2005]第10001号征地决定事实清楚、程序合法、依据充分、权限合法。主要理由是：
1、被申请人批准征收的申请人所在村15.4228公顷农村集体所有土地的利用现状是未利用地，规划用途为建设留用地。
（1）申请人依据的农村年报记录表和龙泉市土地志、龙泉土壤志、龙泉县粮食志、浙江省测绘局的测绘图和新闻媒体的报道等，均不能证明本案征收土地是耕地。
（2）2003年草签的第660号和661号征地协议书，是龙泉市人民政府考虑到一村农民的切身利益，参照耕地标准进行补偿，不是说征收的土地就是耕地。（3）土地承包证主要是证明土地承包关系的确立，不是证明土地利用类型的法定凭证。
2、被申请人土地征收程序合法。龙泉市拟订了建设用地项目呈报说明书和土地征收方案，并按程序逐级上报。被申请人经审查认为，用地申请材料符合法定要求，土地权属清楚，土地补偿符合法定标准。
本机关认为：一、关于被征收土地的地类。本案被征收土地一直由申请人耕种，龙泉市人民政府于2005年上报申请批准征收，其地类认定应当适用国土资源部2001年公布的《土地分类》，被征收土地属于已利用的滩涂，不能认定为未利用地。
二、关于土地征收程序。龙泉市人民政府上报征地材料前，没有将拟征收土地现状的调查结果交被征地农户确认，程序上有瑕疵。
综上所述，根据已查明的事实和《中华人民共和国行政复议法》第十四条、第二十八条的规定，本机关裁决如下：（一）将被申请人浙土字[A2005]第10001号征地决定中龙渊街道一村15.4228公顷农村集体所有土地的地类由未利用地变更为耕地。（二）责令被申请人完善批准征收耕地的相关手续。
本裁决为最终裁决。
中华人民共和国国务院行政复议专用章