当U盘文件夹格式全变成了lnk时，说明U盘已经感染了病毒。这种病毒会隐藏所有正常文件，并生成具有激活性的lnk快捷方式。以下是解决这个问题的具体步骤：
首先，尝试使用杀毒软件进行全盘扫描。尽管一些普通杀毒软件可能无法彻底清除这种病毒，但使用知名且信誉良好的杀毒软件进行扫描仍然是一个值得尝试的第一步。在杀毒过程中，请确保按照软件的提示进行操作，并在杀毒完成后重启计算机。
如果杀毒软件无法解决问题，或者您希望手动处理，可以尝试以下步骤：
1. 显示隐藏文件：打开U盘所在的文件夹，点击菜单栏中的“查看”选项，并勾选“隐藏的项目”。这样，被病毒隐藏的文件就会显示出来。对于Windows 10之前的系统，您可能需要在文件夹选项窗口中切换到“查看”标签，取消勾选“隐藏受保护的操作系统文件”复选框，并在“隐藏文件和文件夹”选项下选择“显示隐藏的文件、文件夹和驱动器”。
2. 删除病毒文件：在显示隐藏文件后，您会发现一些可疑的文件，如后缀名为“.vbs”或“.inf”的文件。这些文件很可能是病毒文件，您应该将它们删除。请注意，在删除文件之前，请确保已经备份了重要的数据。
3. 使用命令提示符恢复文件属性：打开命令提示符，输入U盘的盘符并回车进入U盘目录。然后，输入命令“attrib -h -r -s /s /d”并回车，这个命令会去除U盘内所有文件和文件夹的隐藏、只读和系统属性，使得被隐藏的文件重新可见。之后，您可以再次打开U盘，将恢复的文件拷贝出来，并对U盘进行格式化或清理操作。
请注意，在处理U盘病毒时，务必小心谨慎，以免误删重要文件或进一步损坏系统。如果您不确定如何操作，建议寻求专业人员的帮助。