个人养老金扣除个税的计算方法如下：
1、计算个人每月工资收入后，先扣除个人缴纳的基本养老保险金、医疗保险金、失业保险金，以及按规定标准缴纳的住房公积金；
2、再扣除每月2000元的费用扣除额；
3、得出的余额即为应纳税所得额；
4、按照5%至45%的九级超额累进税率计算缴纳个人所得税。
个人养老金的税务处理：
1、免税额度：根据税法规定，个人缴纳的基本养老保险金在一定额度内可以免税；
2、税前扣除：个人缴纳的养老保险金通常在计算应纳税所得额前扣除，降低了应税收入；
3、适用税率：根据个人所得税的累进税率表，超过免税额度的部分将按规定的税率缴纳个人所得税；
4、综合所得计算：个人养老金通常作为综合所得的一部分，与工资、薪金等收入合并计算个税；
5、专项附加扣除：除了基本的养老保险金，个人还可以享受其他专项附加扣除，如子女教育、继续教育等。
综上所述，个人养老金扣除个税的计算方法是先扣除个人缴纳的社保和公积金等费用，再扣除费用扣除额，得出的余额作为应纳税所得额，按照九级超额累进税率计算缴纳个人所得税。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》
第六条
应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。
本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。
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