薪资管理系统是一个综合性的管理系统，其应用的处理流程通常包括以下几个步骤：
建立薪资档案。在薪资管理系统中建立员工薪资档案，包括个人基本信息、薪酬标准、绩效考核和奖励等信息。
薪酬核算和发放。根据薪酬标准和绩效考核结果，进行薪酬核算和发放。薪酬核算和发放可以通过系统自动完成，也可以由人工操作完成。
绩效考核和奖励申请。在薪资管理系统中建立绩效考核和奖励申请流程，员工可以根据自己的工作表现提交绩效考核和奖励申请。
统计和分析。薪资管理系统可以对员工薪酬、绩效考核和奖励等数据进行统计和分析，提供数据支持和管理决策。
安全和保密。薪资管理系统应该具备安全和保密的特性，保障员工的隐私和企业的信息安全。