首先，通过系统对已有论文进行对比和检测，免费的论文查重系统会要求用户将论文上传至服务器。论文一旦上传，就存在被非法获取和滥用的风险，从而造成论文泄露的可能性。
其次，免费的论文查重系统通常由第三方机构或个人提供，这些机构或个人并没有足够的能力和资源来保护论文的隐私和安全。很可能出现系统被黑客攻击、系统漏洞被利用等情况，导致论文信息遭到泄露。
另外，免费的论文查重系统存在商业化盈利的考量，这使得系统在实现查重功能的同时，也可能会将用户的论文信息作为商业资源进行出售。这不仅违背了用户的知情权和隐私权，也可能导致论文的知识产权被他人侵占。
针对以上问题提出了一些解决方案。首先，可以选择付费的论文查重系统，这些系统通常具备更加严密的安全措施，能够更好地保护论文的安全。其次，在选择使用免费的论文查重系统时，应对系统的安全性进行充分的了解和评估，并注意保护自己的论文隐私。此外，学术界和政府应加强对论文查重系统的监管力度，建立相应的法律法规来规范和保护用户的论文隐私和知识产权。