历史上，几乎每一个皇帝都容不下大臣的权力大过自己，或者是拥有很大一部分权利，有能力的皇帝就会用尽各种方法将这些权利拿回到自己的手中，没有能力的皇帝就只好听他们的摆布，或者最终等待被打败的命运。然而唐朝的李世民却不是这样的，他作为一个明君，手下也有重臣拥有大权的，但是他并没有清除，这是为什么呢？
首先，李世民登基的时候年纪还很轻，所以是一个心高气傲的年轻人，对自己是非常的有自信的，完全不担心这些臣子会造反或是发生什么不好的事情，他相信凭借自己的实力一定可以将这些臣子给治理好，不会发生自己控制不了的事情的。
还有李世民强大的统御能力！比起其他皇帝来，李世民算得上是一位卒伍皇帝。他的军队是自己一手拉扯大的！在李渊起兵之后，李世民奉李渊之命招募兵将，这些部队都是李世民亲手带出来的，类似于秦琼尉迟恭程咬金等人，他们投靠李世民的时候都是光杆司令，手下既没兵也没将，不过是李世民手里的家将而已，是李世民知道他们的才能，从自己的军队里调拨人手，给他们当部下。
比如，这两人都担任过李世民的马军旗牌官，统帅李世民唯一的骑兵部队。因此，李世民从来就不担心他们几个人拥兵自重，甚至把自己大量的军队全都交给他们这些人掌管，他们是李世民真正的心腹爱将。比如，玄武门兵变的时候，唯独走失了一个秦琼，史书上都没有关于秦琼参与玄武门兵变的绞杀战，但是在兵变后论功行赏的时候秦琼被封赏了七百户，甚至比直接参与的程咬金还多。
因此，基本可以预见秦琼在这时候是作为军区司令驻扎长安城外，负责调走李渊的御林军，否者玄武门兵变没有御林军出来调停的基本不可能出现。李世民，秦琼，程咬金，尉迟恭，这些人除了君臣关系，更是战友，也就是说，如果李世民选择杀掉他们这些人的话，那么再也找不到比他们更令其放心的人了。在后期，李世民建凌烟阁二十四功臣的时候，特别缅怀这些开国功臣，因为这些人，真的是他的手足。
归根结底，李世民是个特别优秀的政治家，优秀的政治家的行事标准是不能用道德来评判的。李世民固然是心狠手辣杀了这些大唐的功臣，但对国家政权稳定是大大的有益。回到提问者的角度，秦琼这些人，唐太宗不杀，也不会影响太宗朝政局的稳定，那何必要杀呢？另外楼主提到了秦琼，山东士族是太宗朝重要的一股政治力量，为了笼络这股政治力量，优待他们最主要的代言人秦叔宝、魏征、李勣，不仅不会威胁统治，反而能利用他们笼络山东士族，并进一步利用山东士族与关陇军事贵族相互制衡，更有利于太宗朝的稳定，那何必要杀秦琼他们呢？
再多讲一点，李世民上台之后做一切事情都是为了自己统治的稳固以及国家的稳定，内部说完了，那外部呢？单纯的就是派李靖李勣他们打打打吗？作为政治家，最高明的招数当然是不战而屈人之兵。