实行工程预付款的，双方应在专用条款约定发包人向承包人预付工程款的时间和数额，开工后，按约定的时间和比例逐次扣回。预付时间应不迟于约定的开工日期前7天。发包人不按约定预付，承包人在约定预付时间7天后向发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不能按要求支付预付款，承包人可在发出通知后7天停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的贷款利息，并承担违约责任。
工程进度款： 建筑工程发承包双方应当按照合同约定定期或者按工程进度分阶段进行工程款结算。在确认计量结果后14天内，发包人应向承包人支付工程款(进度款)。发包人超过约定的支付时间不支付工程款(进度款)，承包人可向发包人发出要求付款的通知，发包人接到承包人通知后仍不能按要求付款，可与承包人协商签订延期付款协议，经承包人同意后可延期支付。协议应明确延期支付的时间和从计量结果后第15天起计算应付款的贷款利息。发包人不按合同约定支付工程款(进度款)，双方又未达成延期付款协议，导致施工无法进行，承包人可停止施工，由发包人承担违约责任。
工程进度款计算的两个方面：工程量确认和单价的计算方法(可调工料单价和固定综合单价)
通常情况下，发包人只办理总包的付款事项。分包人的工程款由发包人根据总分包合同规定向总包提出分包付款数额，由总包人审查后列入“工程价款结算帐单”统一向发包人办理收款手续，然后结转给分包人。由发包人直接指定的分包人，可以由发包人指定总包人代理其付款，也可以由发包人单独办理付款，但须在合同中约定清楚，事先征得总包人的同意。
竣工结算的原则：
①任何工程的竣工结算，必须在工程全部完工、经提交验收并提出竣工验收报告以后方能进行;
②工程竣工结算的各方，应共同遵守国家有关法律、法规、政策、方针和各项规定，高估冒算，严禁套用国家和集体资金，严禁在结算时挪用资金和谋取私利;
③坚持实事求是，针对具体情况处理遇到的复杂问题;
④强调合同的严肃性，依据合同约定进行结算;
⑤办理竣工结算，必须依据充分，基础资料齐全。