2005年12月10日，全国第一个保税港区——洋山保税港区正式启用。洋山保税港区规划面积8.14平方公里，由保税区陆域部分、东海大桥和小洋山岛港口区域三部分组成，其中陆域部分面积6平方公里，设有口岸查验区、港口辅助区、仓储物流区、国际中转区、采购配送区、加工制造区、商贸服务区等功能区，主要发展和提供集装箱港口增值、进出口贸易、出口加工、保税物流、采购配送、航运市场等产业和服务功能，岛域部分是集装箱深水港码头作业区域，包括洋山深水港一期、二期码头，面积2.14平方公里，是集装箱装卸、中转的功能区域。
2005年12月10日洋山深水港一期工程正式启用以来，作为全国第一个保税港区，洋山保税港区承担了建设国际航运发展综合试验区的重要使命。依托洋山集装箱深水枢纽港区的独特区位，洋山保税港区积极进取，不断探索，积极开拓国际采购、配送、转口贸易和出口加工等功能。 2009年11月18日上海综合保税区管委会挂牌，“三区”联动发展拉开序幕，按照探索建设国际航运发展综合试验区的要求，洋山保税港区进一步加大改革创新力度、不断探索功能突破，加快实现产业集聚，加快上海国际航运中心建设核心载体的责任。依托综合保税区的创新探索，洋山保税港区正形成一系列功能突破：融资租赁业务的启动，在洋山实现了航运金融服务新突破；水水中转集拼的探索，进一步提升洋山口岸枢纽功能。期货保税交割试点的推进，推动了洋山航运物流高端化发展。保税展示销售中心的建立，为洋山保税港区注入贸易功能。现在的洋山保税港区，正初步形成跨国公司分拨配送中心、重点航运类企业、第三方物流企业、有色金属集散等集聚趋势。 一流的深水港口设施、完善的配套条件、与国际惯例接轨的保税港区制度、优惠的投资政策为洋山保税港区的发展做了充分的铺垫，随着三区联动的深入发展、综合保税区资源的优化配置，充满着生机和活力的洋山保税港区正大踏步迈向口岸物流设施体系完备，集装箱增值服务和航运服务产业发达，国际中转、采购配送和转口贸易功能突出，辐射服务和经济贡献能级强大，具有国际竞争力的上海航运中心核心载体。
