合生元奶粉更好，口感上孩子更加喜欢。但是两个品牌各有优势，具体区别：
一、奶粉奶源地不同
1、合生元奶粉奶源地：法国诺曼底
诺曼底位于北纬49度的黄金纬度，气候适宜，富含矿物质及微量元素，是优质的天然牧区。当地特有的诺曼底牛所产的牛奶的蛋白质含量远高于其他地区，加上严格的科学管理，使诺曼底获得“欧洲最优乳仓”的美名。
2、飞鹤奶粉奶源地：飞鹤牧场
飞鹤奶粉是有自己的奶源基地的，就是飞鹤牧场。 飞鹤的原生态牧场全部集中于齐齐哈尔周边北纬47度，从地理学角度看，北纬47°区域属于北温带大陆性季风气候，降水适宜，日照充沛，适宜奶牛长期生活。
二、外包装设计不同
1、合生元奶粉： 合生元金装幼儿奶粉采用的是合金罐包装，不过在合金罐外面还套了一个纸盒。奶粉罐身有两层密封：外层塑料盖+里层铝制易拉盖。易拉盖上设有拉环，方便开封。开封后，只留下塑料盖，密封效果适宜。
2、飞鹤奶粉： 飞鹤飞帆幼儿配方奶粉有三层密封——外层塑料盖，中层金属盖，内层密封锡箔纸。开封时，将内层密封锡箔纸直接撕掉，还剩两层，密封效果不错。
三、精确量取不同
1、合生元奶粉： 特设刮口，方便精确量取 合生元金装3段奶粉罐口处特别设置了刮口，刮口长度适宜，方便精确量取。 奶粉勺可拆卸，容量偏小 合生元3段奶粉的奶粉勺设计比较特别，它是可以拆卸成两部分的。奶粉勺为粉红色，容量偏小(约5g/平勺)，每次冲调奶粉需要称量的次数较多(270ml/9勺)。手柄长度适中，方便握取。
2、飞鹤奶粉： 飞鹤飞帆幼儿配方奶粉无特设刮口，取用时可以用刀等工具沿量勺口刮平，不太方便精确量取。另外，奶粉包装中无随赠奶粉勺，购买时需要向店家索取，这一设计不是十分贴心。
参考资料来源：百度百科－合生元
参考资料来源：百度百科-飞鹤奶粉
飞鹤奶粉比较好 ，因为飞鹤奶粉在提高奶粉对中国宝宝体质的适应性方面，科研实力处全球领先水平。
飞鹤始建于1962年，50余年来飞鹤一直专门针对中国人体质研制奶粉，对中国宝宝体质特点及需求展开大量研究，开创多种提升奶粉对中国宝宝体质适应性的技术、配方与工艺。因此，飞鹤被誉为更适合中国宝宝体质的奶粉。
50余年专门为中国人研制奶粉，飞鹤在提高奶粉对中国宝宝体质的适应性方面，科研实力处全球领先水平，多次主持中国重大奶粉科研项目。
包括省科技厅母乳化高端婴幼儿奶粉研制及其产业化项目、国家科技部863课题婴儿特殊奶粉研制与开发、开创针对中国宝宝的临床喂养实验先河，等等。
2015年，飞鹤联合哈佛大学医学院，成立中国母婴营养研究实验室，整合国际科研资源，不断继续深化中国母婴营养研究。
同时也是在2015年的时候，飞鹤荣获世界食品品质评鉴大会金奖，成为全球唯一一家荣获该大奖的婴幼儿奶粉品牌，充分说明飞鹤奶粉品质已达到国际先进水平，获得国际社会普遍认可。
此外，飞鹤产品也已获得欧盟BRC食品安全全球标准、IFS国际食品标准等国际认证。2017年，飞鹤乳业旗下高端婴幼儿奶粉星飞帆第三次蝉联世界食品品质评鉴大会金奖。
参考资料来源：百度百科—飞鹤