温度
温度是影响
藻类地理分布的主要因素。
海藻根据生长地点温度的差异可分为3种类型:①冷水性种，生长和生殖最适温小于4℃，其下又可分为适温为0℃左右的寒带种及适温为0～4℃的亚寒带种；②温水性种，生长和生殖的最适温为4～20℃，其下又可分为适温为4～12℃的冷温带种和适温为12～20℃的暖温带种；③暖水性种，生长和生殖适温大于20℃，又可分适温为20～25℃的亚热带种及适温大于25℃的热带种。多数海藻对温度的适应能力不强，因此在海水温度变化大的海区；一年中种类的变化很大，冬天有冷水性藻类，夏天有温水性藻类，它们能在较短的适温时间内完成生命周期。但有些底栖海藻对温度变化的适应能力很强，如石莼几乎在世界各地都能全年生长，淡水藻中多数硅藻和金藻类在春天和秋天出现，属于狭冷性种；有些
蓝藻和绿藻仅在夏天水温较高时出现，为狭温性种。
光照
光照是决定藻类垂直分布的决定性因素。水体对光线的吸收能力很强，湖泊10米深处的光强仅为水表面的10%；海洋100米深处的光强仅为水表面的1%；而且由于海水易于吸收长波光，还造成各水层的光谱差异。各种藻类对光强和光谱的要求不同，绿藻一般生活于水表层；而红藻、褐藻则能利用绿、黄、橙等短波光线，可在深水中生活。
水体化学性质
水体的化学性质也是藻类出现及其种类组成的重要因素。如蓝藻（
原核生物）、裸藻容易在富营养水体中大量出现，并时常形成水华；硅藻和金藻常大量存在于山区贫营养的湖泊中；绿球藻类和隐藻类在小型池塘中常大量出现。海洋环境专家多年来对水质监测得出结论：在正常的海水中，水中氮磷比应为16:1以内，当达到这个比例且氮、磷浓度增加时，再加上外界的一些原因。如气温升高等，各类水藻就开始迅速繁殖，逐步出现
赤潮现象。
此外，生活于同一水域的各藻类相互间的影响对它们的出现和繁盛也有重要作用，某些藻类能分泌物质抑制其他藻类的形成和发展。