办公室
负责科协常委会、主席办公会议的日常事务工作；组织协调科协机关的政务、事务工作；起草重要报告和综合性文件；负责调查研究、政务信息、宣传报道工作；负责文秘、督办、机要保密、信访、接待、档案工作；负责有关重要会议和活动的内外联络、组织协调；负责起草制订有关规章制度并组织实施。
学会学术部
负责本会所属全市性学会的管理和科技类社会团体的业务指导；负责联系科技类学术团体的科技工作者；负责综合性重点学术交流的组织协调工作；指导有关学会、科技团体开展学术活动和相关的科技活动，参与国家、省等有关科技、学术交流活动；组织和承办重大决策咨询、成果发布、技术难题招标和项目评估论证等活动；组织优秀论文评选及相关工作；负责有关学会学术类期刊的业务指导和管理工作；负责系统内对口联系和学会其他业务活动的组织和管理。
科学素质工作领导小组办公室
负责承办广州市全民科学素质工作领导小组办公室的日常工作。
科学普及部、企事业科协联络部（合署办公）
负责组织全市示范性的大型科普活动，以及参与全国、全省性的大型科普活动；负责联络和指导区、县级市科协开展工作；负责联系基层科协的科技工作者；负责组织和指导市科协所属学会、协会、研究会及基层科协开展科学普及、技术推广和实用技术培训等工作；指导企事业单位建立科协组织，协调高等院校、科研院所与企事业单位科协的联系和合作；指导企事业科协配合和协助企业有关部门制定科技工作规划，为推动科技进步和自主创新建言献策；指导企事业科协成为联系科技工作者的桥梁和纽带；指导企事业科协开展学术交流和科普教育活动；与相关部门联合，推动企业开展“讲理想、比贡献”活动；指导“两新”组织（新社会组织、新经济组织）的科协组织建设和工作开展；做好系统内对口联系工作，组织专兼职干部、科技人员培训。
国际交流部（挂港澳台交流部牌子）
负责与国际及港澳台地区科技团体的联络和开展民间科技交流与合作；负责联系国外及港澳台地区和广州地区留学归国的科技工作者；指导市科协所属学会、协会、研究会和基层科协的涉外活动，检查本系统外事纪律、外事政策的执行情况；办理因公出访报批、涉外接待和国际科技会议与展览的组织、审核、申报工作。
计划财务处
负责制订本会工作规划、年度计划和科协事业发展规划及基本建设计划的经费预、决算；负责组织贯彻执行国家、省、市的财经法律法规，对机关和所属单位及市科协所属学会、协会、研究会的有关经济、财务、资产、基金等工作进行管理和指导；负责本系统内部的财务、统计、审计监督工作；负责本系统政府采购、小车定编管理；配合有关部门进行专项审计和领导干部离任审计工作；指导所属事企业单位经济发展和经营管理；负责与市发展和改革、经贸、财政、审计、税务等部门的对口业务联系工作。
组织人事处（监察室、机关党委办公室与其合署办公）
负责办理党组日常事务；负责机关及指导直属单位的干部人事、劳动工资福利、公费医疗、机构编制、离退休人员管理、计划生育、知识分子及专业技术干部管理、职工工种技能鉴定和等级考核、教育培训等工作；负责联系本系统的人大代表、政协委员；负责统战、侨务和出国（境）人员政审工作；负责机关及指导直属单位的纪检、监察、廉政建设和党建、党务工作，以及精神文明建设和思想政治工作；指导工会、共青团、妇委会开展工作；负责协调机关和指导直属单位综合治理和安全保卫工作。
